More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1149 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  100 
 
 		 226 aa  471  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  66.5 
 
 		 206 aa  280  9e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  66.5 
 
 		 206 aa  280  1e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 209 aa  279  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  66 
 
 		 206 aa  279  2e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  69.54 
 
 		 206 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  62.19 
 
 		 203 aa  271  4.0000000000000004e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  61.11 
 
 		 205 aa  268  4e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  60.5 
 
 		 210 aa  266  2e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  66.49 
 
 		 188 aa  264  8e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  60.3 
 
 		 207 aa  260  8.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  63.68 
 
 		 216 aa  258  4e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  67.16 
 
 		 216 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  67.16 
 
 		 208 aa  257  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 216 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  56.54 
 
 		 206 aa  239  4e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 211 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  35.29 
 
 		 224 aa  111  8.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  34.54 
 
 		 212 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 213 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 213 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 209 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 213 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 226 aa  102  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 211 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 207 aa  94.4  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
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NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 207 aa  94  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 257 aa  91.7  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
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NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 216 aa  89.7  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 207 aa  89  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
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NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  31.54 
 
 		 220 aa  88.2  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
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NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  27.84 
 
 		 207 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 214 aa  87.4  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
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NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 218 aa  85.9  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  29.02 
 
 		 217 aa  86.3  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  30.12 
 
 		 207 aa  85.9  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 213 aa  85.9  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 244 aa  85.5  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  34.59 
 
 		 222 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 209 aa  83.6  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
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NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 208 aa  84  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
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NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  31.94 
 
 		 209 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
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NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  28 
 
 		 205 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
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NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 208 aa  80.9  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
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NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  27.53 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 210 aa  81.3  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 225 aa  79  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
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NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 209 aa  78.6  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  27.7 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 214 aa  77  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  27.17 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 259 aa  76.3  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 200 aa  75.9  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 200 aa  75.9  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  29.44 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  27.66 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  27.66 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 228 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 198 aa  75.1  0.0000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 215 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 208 aa  74.7  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 247 aa  73.9  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  28.77 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5065  TetR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174952  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 247 aa  73.9  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  32.06 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  29.24 
 
 		 208 aa  73.6  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 		 215 aa  72.8  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 220 aa  72.8  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 		 210 aa  72.8  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 		 220 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  30.71 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
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NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  29.23 
 
 		 204 aa  72.4  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
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NC_013510  Tcur_3836  transcriptional regulator, TetR family  38.54 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  36.07 
 
 		 236 aa  71.6  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 210 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_2798  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 251 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.358212  normal  1 
 
 
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NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  22.75 
 
 		 237 aa  71.6  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
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NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 210 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
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NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  30.22 
 
 		 220 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 214 aa  70.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
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NC_008578  Acel_1709  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal  0.0301663 
 
 
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NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  26.87 
 
 		 215 aa  69.7  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 210 aa  69.7  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
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NC_011891  A2cp1_3066  transcriptional regulator, TetR family  29.34 
 
 		 229 aa  69.7  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  27.34 
 
 		 226 aa  69.7  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  27.07 
 
 		 213 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  28.15 
 
 		 251 aa  69.7  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
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NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 218 aa  69.3  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
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