More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3407 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 218 aa  450  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  83.73 
 
 		 216 aa  361  4e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  75.35 
 
 		 216 aa  335  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  59.81 
 
 		 218 aa  259  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  61.14 
 
 		 210 aa  258  7e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 213 aa  179  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
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NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 234 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  43.23 
 
 		 220 aa  159  4e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  43.52 
 
 		 220 aa  158  7e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  42.29 
 
 		 220 aa  153  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 225 aa  148  5e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 210 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 231 aa  141  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  39.9 
 
 		 226 aa  141  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  39.9 
 
 		 226 aa  141  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 221 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 244 aa  132  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 207 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 207 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  35.05 
 
 		 230 aa  126  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 210 aa  125  7e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 202 aa  124  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 209 aa  121  6e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 207 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  34.67 
 
 		 211 aa  109  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  34.72 
 
 		 226 aa  108  5e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  35 
 
 		 207 aa  107  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 208 aa  105  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 221 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  34.33 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 214 aa  99.4  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 224 aa  99  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  30.89 
 
 		 237 aa  98.2  8e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 207 aa  96.7  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 257 aa  97.1  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 207 aa  96.7  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 200 aa  96.3  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 210 aa  95.5  6e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  30.41 
 
 		 217 aa  93.6  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  33.17 
 
 		 208 aa  92.4  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  34.76 
 
 		 250 aa  92  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 209 aa  90.1  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 224 aa  89.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 220 aa  89.7  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  31.66 
 
 		 217 aa  89.7  3e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 211 aa  89  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  32.16 
 
 		 207 aa  89  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  31.19 
 
 		 208 aa  89  6e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  33.85 
 
 		 234 aa  88.6  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  29.32 
 
 		 219 aa  88.6  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0292  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 203 aa  87.4  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3727  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 203 aa  86.7  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0292  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 203 aa  86.7  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000945067 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 214 aa  85.9  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 228 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 236 aa  81.6  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  33.17 
 
 		 218 aa  81.3  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 210 aa  80.9  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 202 aa  80.5  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 204 aa  80.1  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  29.44 
 
 		 209 aa  79.3  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 208 aa  78.6  0.00000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  30.5 
 
 		 207 aa  78.6  0.00000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  26.8 
 
 		 201 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  29.3 
 
 		 214 aa  77.8  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 259 aa  77.8  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 203 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  28.64 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  28.79 
 
 		 212 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 213 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 205 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 203 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  31.63 
 
 		 210 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 216 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 202 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 213 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 228 aa  75.1  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 		 200 aa  74.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 213 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  31.79 
 
 		 213 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 		 200 aa  74.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
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NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 192 aa  73.9  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
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NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  27.46 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
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NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  28.32 
 
 		 247 aa  73.2  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
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NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  28.22 
 
 		 238 aa  73.2  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  32.03 
 
 		 215 aa  73.2  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  31.61 
 
 		 213 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 224 aa  72.8  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
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NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 198 aa  72.4  0.000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  32.58 
 
 		 191 aa  72.8  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_008228  Patl_0736  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 198 aa  72  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_1938  transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 		 226 aa  72  0.000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165177  normal  1 
 
 
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