More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0698 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 264 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  79.18 
 
 		 255 aa  418  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  78.69 
 
 		 247 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  72.02 
 
 		 215 aa  279  4e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 266 aa  262  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 273 aa  258  6e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  49.78 
 
 		 231 aa  215  5.9999999999999996e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  48.25 
 
 		 233 aa  206  3e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 232 aa  203  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 226 aa  203  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 235 aa  202  4e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 214 aa  201  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  51.49 
 
 		 225 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  45.62 
 
 		 242 aa  181  8.000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 220 aa  179  5.999999999999999e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  48.59 
 
 		 221 aa  176  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  47 
 
 		 243 aa  173  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 217 aa  165  5.9999999999999996e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 224 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 214 aa  135  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  37.67 
 
 		 218 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 230 aa  132  6.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  38.21 
 
 		 207 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  40.33 
 
 		 209 aa  122  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 209 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 206 aa  113  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  35.98 
 
 		 210 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  36.45 
 
 		 210 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  33.82 
 
 		 206 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  34.55 
 
 		 246 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  32.66 
 
 		 213 aa  105  8e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 219 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 228 aa  102  8e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 243 aa  98.6  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 		 217 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 204 aa  95.9  6e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 238 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 211 aa  91.3  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 218 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 230 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  32.35 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 209 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 		 211 aa  71.2  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 217 aa  69.3  0.00000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 236 aa  68.9  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  32.21 
 
 		 226 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 212 aa  68.2  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 206 aa  67.4  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 228 aa  67.8  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 234 aa  67  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 214 aa  67  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 256 aa  66.6  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  31.87 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3958  transcriptional regulator, TetR family  26.36 
 
 		 242 aa  66.2  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  27.44 
 
 		 207 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 211 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  25.52 
 
 		 200 aa  64.7  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 216 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4003  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 242 aa  65.1  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 213 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 214 aa  65.1  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  27.08 
 
 		 226 aa  65.1  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  25.52 
 
 		 200 aa  64.7  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  27.49 
 
 		 233 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 289 aa  64.3  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  31.45 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  30.87 
 
 		 226 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 212 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  31.16 
 
 		 250 aa  64.3  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 228 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10159  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 202 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 216 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0440  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2175  TetR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  26.13 
 
 		 207 aa  62.4  0.000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 238 aa  62.4  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 216 aa  62.4  0.000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0719  TetR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 209 aa  62.4  0.000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0126  TetR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 213 aa  62  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  30.37 
 
 		 224 aa  62  0.000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28480  transcriptional regulator  46.97 
 
 		 326 aa  62  0.000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.552525 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 216 aa  61.6  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  29.13 
 
 		 206 aa  62  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>