More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1636 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 226 aa  455  1e-127  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 224 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  38.86 
 
 		 224 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 248 aa  112  6e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5045  transcriptional regulator, TetR family  44.24 
 
 		 208 aa  109  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.301448 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3466  TetR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 245 aa  105  6e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3340  TetR family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 224 aa  102  5e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.841293 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 211 aa  102  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1403  TetR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 241 aa  99.4  5e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  33.78 
 
 		 214 aa  99  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 209 aa  98.2  8e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1360  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 270 aa  98.2  8e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.100226  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 227 aa  97.8  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  37.56 
 
 		 204 aa  95.5  6e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 213 aa  95.1  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  95.1  8e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 213 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 213 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  34.93 
 
 		 212 aa  92.8  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  36.75 
 
 		 218 aa  90.9  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  91.3  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  30.66 
 
 		 237 aa  90.1  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 		 222 aa  89  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 212 aa  89  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  33.04 
 
 		 212 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  33.01 
 
 		 217 aa  88.6  7e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  35.15 
 
 		 209 aa  86.7  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 220 aa  86.3  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 		 208 aa  85.9  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 208 aa  85.9  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  33.81 
 
 		 208 aa  84.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  28.25 
 
 		 215 aa  82.4  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6537  transcriptional regulator, TetR family  34.35 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.563628  normal  0.0265458 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 206 aa  82  0.000000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  31.67 
 
 		 217 aa  81.6  0.000000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  32.37 
 
 		 200 aa  81.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  32.37 
 
 		 200 aa  81.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 206 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 211 aa  80.5  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 208 aa  79.7  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3058  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 209 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0466418 
 
 
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NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
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NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 210 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 208 aa  74.3  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 257 aa  74.3  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  26.85 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  27.91 
 
 		 251 aa  73.9  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1938  transcriptional regulator, TetR family  30.19 
 
 		 226 aa  73.6  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165177  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 244 aa  73.6  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 210 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 224 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 214 aa  72  0.000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1774  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 231 aa  71.6  0.000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.277997  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  26.39 
 
 		 226 aa  71.6  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3636  putative transcriptional regulator, TetR family  33.76 
 
 		 212 aa  71.2  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 215 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 259 aa  71.6  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 206 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0929  TetR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 205 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.99421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  28.44 
 
 		 216 aa  69.7  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 231 aa  69.3  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  32.28 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6530  transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 219 aa  69.3  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.051486 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0440  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  31.01 
 
 		 208 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 219 aa  68.6  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
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NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  36.75 
 
 		 246 aa  68.6  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
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NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 191 aa  68.2  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  32.74 
 
 		 215 aa  68.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
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NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 216 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
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NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  36.15 
 
 		 225 aa  68.2  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
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NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 236 aa  67.8  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  26.02 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 218 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
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NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 210 aa  68.2  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
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NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  27.01 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
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NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 202 aa  67.8  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
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NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 207 aa  68.2  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_2689  putative transcriptional regulator, TetR family  38.21 
 
 		 325 aa  67.4  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.559134 
 
 
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NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
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NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 204 aa  67  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_5246  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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