More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0440 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0440  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 207 aa  411  1e-114  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009972  Haur_3014  TetR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 258 aa  197  9e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00422654  n/a   
 
 
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NC_013526  Tter_2577  transcriptional regulator, TetR family  52.97 
 
 		 209 aa  181  5.0000000000000004e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 209 aa  149  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2103  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 207 aa  125  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011831  Cagg_2732  transcriptional regulator, TetR family  38.51 
 
 		 208 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498805  normal  1 
 
 
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NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 		 200 aa  82.4  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
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NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 237 aa  82.4  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
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NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 		 200 aa  82.4  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 216 aa  82  0.000000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 202 aa  82  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 191 aa  78.6  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 205 aa  74.3  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  34.78 
 
 		 220 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
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NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  33.54 
 
 		 220 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 210 aa  72  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
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NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 220 aa  71.6  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
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NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 216 aa  71.6  0.000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
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NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 210 aa  71.2  0.000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 226 aa  69.3  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
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NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  35.33 
 
 		 221 aa  68.9  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 212 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
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NC_009715  CCV52592_1551  transcription regulator protein  24.37 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000200418  n/a   
 
 
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NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 218 aa  68.6  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
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NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
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NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 236 aa  68.6  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  27.95 
 
 		 206 aa  68.6  0.00000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  29.38 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
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NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 214 aa  66.2  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 214 aa  66.2  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
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NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
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NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  25.65 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
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NC_009636  Smed_2365  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 213 aa  65.9  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227272  normal  0.96994 
 
 
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NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 231 aa  65.5  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
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NC_008044  TM1040_1499  TetR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 203 aa  65.5  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0951967  normal  1 
 
 
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NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  28.74 
 
 		 218 aa  64.7  0.0000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 209 aa  65.1  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
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NC_011369  Rleg2_3035  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 225 aa  64.3  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.489456  normal  1 
 
 
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NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 203 aa  64.3  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 213 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
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NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  26.56 
 
 		 264 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
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NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 202 aa  63.2  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 540 aa  63.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 208 aa  63.5  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 217 aa  62.8  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 214 aa  63.2  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4044  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 225 aa  62.4  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 289 aa  62.4  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 238 aa  62.4  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 207 aa  62  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  32.9 
 
 		 207 aa  62  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 216 aa  61.6  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 234 aa  61.6  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3290  transcriptional regulator, TetR family  39.09 
 
 		 225 aa  61.6  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.413178  normal  0.0802991 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  28.79 
 
 		 213 aa  61.6  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 324 aa  60.8  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 216 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  27.67 
 
 		 208 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  29.08 
 
 		 246 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  59.62 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  24.34 
 
 		 226 aa  60.5  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3453  transcriptional regulator TetR family  29.56 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  31.74 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  31.08 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  29.81 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_1423  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.6699 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3727  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 203 aa  58.9  0.00000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000227076 
 
 
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NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011365  Gdia_1993  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009483  Gura_0986  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 197 aa  58.5  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_0292  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414466 
 
 
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