More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3453 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3453  transcriptional regulator TetR family  100 
 
 		 213 aa  436  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3035  transcriptional regulator, TetR family  81.99 
 
 		 225 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.489456  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3290  transcriptional regulator, TetR family  81.52 
 
 		 225 aa  354  5.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.413178  normal  0.0802991 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2365  TetR family transcriptional regulator  81.12 
 
 		 213 aa  324  5e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227272  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  68.78 
 
 		 211 aa  286  2e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 203 aa  246  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2710  TetR family transcriptional regulator  60.5 
 
 		 203 aa  242  3e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.466457  normal  0.498996 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  59.3 
 
 		 203 aa  240  1e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  59.3 
 
 		 203 aa  240  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1365  transcriptional regulator  53.77 
 
 		 211 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.575727 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0349  TetR family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 232 aa  228  6e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0280  TetR family transcriptional regulator  54.68 
 
 		 227 aa  226  3e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.980178  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0294  TetR family transcriptional regulator  54.68 
 
 		 227 aa  226  3e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136884  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1499  TetR family transcriptional regulator  52.76 
 
 		 203 aa  216  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0951967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  50 
 
 		 224 aa  214  8e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4844  transcriptional regulator, TetR family  51.43 
 
 		 252 aa  209  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  47.78 
 
 		 212 aa  202  3e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  47.78 
 
 		 212 aa  202  3e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 212 aa  202  3e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1539  TetR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 212 aa  201  5e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  47.78 
 
 		 212 aa  201  6e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  47.78 
 
 		 212 aa  201  9e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  47.78 
 
 		 212 aa  201  9e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  47.78 
 
 		 212 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1000  regulatory protein, TetR  46.6 
 
 		 242 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1158  transcriptional regulator, TetR family  47.09 
 
 		 218 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.91676  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  47.06 
 
 		 213 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  47.29 
 
 		 212 aa  198  6e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  46.57 
 
 		 213 aa  198  6e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
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NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  46.08 
 
 		 213 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1081  HTH-type transcriptional regulator RutR  46.31 
 
 		 212 aa  195  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A1186  HTH-type transcriptional regulator RutR  46.31 
 
 		 212 aa  195  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1824  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 224 aa  194  6e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87921  normal  0.175095 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A1216  HTH-type transcriptional regulator RutR  45.81 
 
 		 212 aa  194  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.591915 
 
 
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NC_011083  SeHA_C1231  HTH-type transcriptional regulator RutR  46.31 
 
 		 212 aa  194  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1196  HTH-type transcriptional regulator RutR  50.26 
 
 		 212 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6034  TetR family transcriptional regulator  50.78 
 
 		 223 aa  191  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1121  TetR family transcriptional regulator  47.55 
 
 		 221 aa  191  5e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4569  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 221 aa  180  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000147437  normal  0.0336832 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3988  regulatory protein, TetR  46.15 
 
 		 233 aa  177  9e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.100564  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4062  TetR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 218 aa  169  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0039  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 228 aa  169  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4037  TetR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 219 aa  169  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.737605  normal  0.766436 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3620  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 203 aa  159  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1574  TetR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 203 aa  158  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00597987  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4295  TetR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 203 aa  158  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0185  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 210 aa  158  5e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141931  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1818  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 210 aa  158  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.671958  normal  0.199135 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3860  TetR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 203 aa  158  7e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.526451  normal  0.667209 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1460  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 210 aa  157  9e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4876  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 208 aa  156  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0224524  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1777  regulatory protein, TetR  37.69 
 
 		 202 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.26768  normal  0.308935 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1600  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 201 aa  154  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0652187  normal  0.362821 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2767  TetR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 214 aa  154  9e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0855812  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3698  transcriptional regulator, TetR family  37.69 
 
 		 202 aa  153  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5968  TetR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 230 aa  151  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.609129 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5724  TetR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 230 aa  149  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6653  TetR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 230 aa  149  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  0.0271875 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6709  TetR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 230 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.408759  normal  0.497229 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1965  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 210 aa  148  5e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.885807  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1790  TetR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 251 aa  148  5e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0639  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 220 aa  148  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.307578  hitchhiker  0.000146714 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1598  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 230 aa  148  7e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.535122  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6233  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 230 aa  148  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.275362  normal  0.0744328 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0594  TetR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0201579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0634  TetR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 220 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000435144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5348  TetR family transcriptional regulator  39 
 
 		 230 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.130352 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1537  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 234 aa  145  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0683  TetR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 216 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4569  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 220 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000245113  hitchhiker  0.00602594 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1426  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 260 aa  144  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1423  TetR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 209 aa  143  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.6699 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2692  transcriptional regulator, TetR family  36.49 
 
 		 249 aa  143  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3699  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 220 aa  143  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3827  putative transcriptional regulator  34.67 
 
 		 216 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44980  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 216 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2128  TetR family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 251 aa  142  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2423  TetR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 214 aa  141  9e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0771  transcriptional regulator, TetR family  34.98 
 
 		 218 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.353788  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0675  regulatory protein, TetR  35.29 
 
 		 220 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0381  TetR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 239 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007435  BURPS1710b_A1810  TetR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 239 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009075  BURPS668_A0479  TetR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 239 aa  139  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.676411  n/a   
 
 
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NC_008835  BMA10229_2113  TetR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 239 aa  138  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.473372  n/a   
 
 
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NC_006349  BMAA1492  TetR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 239 aa  138  7e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009079  BMA10247_A0796  TetR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 239 aa  138  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B0799  TetR family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 225 aa  137  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.126774  normal  0.374704 
 
 
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NC_008463  PA14_05660  putative transcriptional regulator  34.67 
 
 		 206 aa  134  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009512  Pput_1799  TetR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 206 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  0.822653 
 
 
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NC_009656  PSPA7_0537  putative transcriptional regulator  34.67 
 
 		 206 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
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NC_007204  Psyc_1665  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 221 aa  132  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.271808  normal  1 
 
 
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NC_007969  Pcryo_1914  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 221 aa  132  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000166268  normal  0.222991 
 
 
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NC_010322  PputGB1_3641  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 206 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0507549  normal  1 
 
 
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NC_010002  Daci_2860  TetR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 226 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.253372  normal  1 
 
 
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NC_010501  PputW619_1833  TetR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 206 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
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NC_011138  MADE_02513  transcriptional regulator, TetR family protein  35.29 
 
 		 214 aa  128  7.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_3444  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 206 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.134739 
 
 
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NC_009656  PSPA7_3426  putative transcriptional regulator  32.14 
 
 		 216 aa  122  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_02090  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 221 aa  122  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
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NC_009656  PSPA7_0247  putative transcriptional regulator  34.69 
 
 		 221 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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