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for query gene PputGB1_0639 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0594  TetR family transcriptional regulator  99.09 
 
 		 247 aa  460  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0201579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0639  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 220 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.307578  hitchhiker  0.000146714 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0634  TetR family transcriptional regulator  99.09 
 
 		 220 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000435144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4569  TetR family transcriptional regulator  96.82 
 
 		 220 aa  450  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000245113  hitchhiker  0.00602594 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0771  transcriptional regulator, TetR family  84.09 
 
 		 218 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.353788  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0675  regulatory protein, TetR  84.55 
 
 		 220 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0683  TetR family transcriptional regulator  83.8 
 
 		 216 aa  391  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3699  TetR family transcriptional regulator  82.27 
 
 		 220 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02090  TetR family transcriptional regulator  76.36 
 
 		 221 aa  339  2e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0247  putative transcriptional regulator  76.82 
 
 		 221 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02513  transcriptional regulator, TetR family protein  51.3 
 
 		 214 aa  218  5e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3988  regulatory protein, TetR  48.26 
 
 		 233 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.100564  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4876  TetR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 208 aa  201  5e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0224524  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4569  TetR family transcriptional regulator  47.29 
 
 		 221 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000147437  normal  0.0336832 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1790  TetR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 251 aa  197  9e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2423  TetR family transcriptional regulator  46.11 
 
 		 214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1965  TetR family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 210 aa  189  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.885807  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4037  TetR family transcriptional regulator  43.72 
 
 		 219 aa  179  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.737605  normal  0.766436 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0479  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 239 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.676411  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0381  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 239 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1810  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 239 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2128  TetR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 251 aa  177  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1492  TetR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 239 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0185  TetR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 210 aa  176  2e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141931  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0796  TetR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 239 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1460  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 210 aa  176  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2113  TetR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 239 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.473372  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6709  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.408759  normal  0.497229 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1818  TetR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 210 aa  176  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.671958  normal  0.199135 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1598  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 230 aa  175  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.535122  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6233  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 230 aa  175  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.275362  normal  0.0744328 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5348  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 230 aa  174  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.130352 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6653  TetR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  0.0271875 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5724  TetR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5968  TetR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.609129 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1423  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 209 aa  170  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.6699 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1426  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 260 aa  170  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  39.71 
 
 		 213 aa  170  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1537  TetR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 234 aa  170  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2692  transcriptional regulator, TetR family  38.78 
 
 		 249 aa  169  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.8 
 
 		 212 aa  168  5e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  40.8 
 
 		 212 aa  168  5e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 212 aa  168  5e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0039  transcriptional regulator, TetR family  41.26 
 
 		 228 aa  168  5e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2767  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 214 aa  168  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0855812  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44980  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 216 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 		 212 aa  166  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  41.54 
 
 		 212 aa  166  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1539  TetR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 212 aa  166  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3827  putative transcriptional regulator  41.54 
 
 		 216 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1665  TetR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 221 aa  166  2e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.271808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  41.54 
 
 		 212 aa  166  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  38.76 
 
 		 213 aa  166  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  40.19 
 
 		 212 aa  166  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  39.23 
 
 		 213 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  41.54 
 
 		 212 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1777  regulatory protein, TetR  42.05 
 
 		 202 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.26768  normal  0.308935 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1914  TetR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 221 aa  165  4e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000166268  normal  0.222991 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  39.05 
 
 		 224 aa  164  9e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1600  TetR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 201 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0652187  normal  0.362821 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0537  putative transcriptional regulator  38.19 
 
 		 206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3620  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 203 aa  161  7e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3444  TetR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 206 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4844  transcriptional regulator, TetR family  40.7 
 
 		 252 aa  160  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4295  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 203 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3698  transcriptional regulator, TetR family  43.94 
 
 		 202 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1799  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 206 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  0.822653 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1574  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 203 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00597987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3860  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 203 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.526451  normal  0.667209 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4062  TetR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 218 aa  159  4e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1081  HTH-type transcriptional regulator RutR  37.63 
 
 		 212 aa  159  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1231  HTH-type transcriptional regulator RutR  37.63 
 
 		 212 aa  159  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1186  HTH-type transcriptional regulator RutR  37.63 
 
 		 212 aa  159  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1216  HTH-type transcriptional regulator RutR  37.63 
 
 		 212 aa  158  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.591915 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3641  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 206 aa  158  6e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0507549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05660  putative transcriptional regulator  37.19 
 
 		 206 aa  158  7e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1824  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 224 aa  157  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87921  normal  0.175095 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1196  HTH-type transcriptional regulator RutR  37.11 
 
 		 212 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0349  TetR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 232 aa  155  6e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0799  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 225 aa  155  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.126774  normal  0.374704 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1000  regulatory protein, TetR  36.45 
 
 		 242 aa  154  9e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6034  TetR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0280  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 227 aa  154  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.980178  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1833  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 206 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0294  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 227 aa  154  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136884  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1158  transcriptional regulator, TetR family  36.27 
 
 		 218 aa  152  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.91676  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3493  TetR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 222 aa  152  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3453  transcriptional regulator TetR family  36.73 
 
 		 213 aa  148  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009668  Oant_3875  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 217 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.417982  n/a   
 
 
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NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 203 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_3035  transcriptional regulator, TetR family  36.22 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.489456  normal  1 
 
 
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NC_009952  Dshi_1365  transcriptional regulator  38.16 
 
 		 211 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.575727 
 
 
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NC_010002  Daci_2860  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 226 aa  145  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.253372  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_2710  TetR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 203 aa  144  9e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.466457  normal  0.498996 
 
 
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NC_012850  Rleg_3290  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.413178  normal  0.0802991 
 
 
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NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 211 aa  141  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008044  TM1040_1499  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 203 aa  141  8e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0951967  normal  1 
 
 
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NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 203 aa  141  9e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
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NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 203 aa  141  9e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
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NC_009636  Smed_2365  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 213 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227272  normal  0.96994 
 
 
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