More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3860 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4295  TetR family transcriptional regulator  99.51 
 
 
203 aa  420  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1574  TetR family transcriptional regulator  99.51 
 
 
203 aa  420  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00597987  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3860  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
203 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.526451  normal  0.667209 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3620  TetR family transcriptional regulator  95.57 
 
 
203 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1600  TetR family transcriptional regulator  86.57 
 
 
201 aa  366  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0652187  normal  0.362821 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3698  transcriptional regulator, TetR family  82.59 
 
 
202 aa  356  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2767  TetR family transcriptional regulator  83.42 
 
 
214 aa  356  9.999999999999999e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0855812  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1777  regulatory protein, TetR  82.59 
 
 
202 aa  355  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.26768  normal  0.308935 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3827  putative transcriptional regulator  74.26 
 
 
216 aa  325  3e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44980  TetR family transcriptional regulator  74.26 
 
 
216 aa  325  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3562  TetR family transcriptional regulator  50.25 
 
 
216 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40380  TetR family transcriptional regulator  48.48 
 
 
216 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3426  putative transcriptional regulator  47.47 
 
 
216 aa  201  6e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3179  TetR family transcriptional regulator  45.69 
 
 
228 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30038  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3988  regulatory protein, TetR  43.43 
 
 
233 aa  181  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.100564  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4569  TetR family transcriptional regulator  45.13 
 
 
221 aa  181  8.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000147437  normal  0.0336832 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4037  TetR family transcriptional regulator  43.59 
 
 
219 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.737605  normal  0.766436 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2692  transcriptional regulator, TetR family  43.08 
 
 
249 aa  169  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6653  TetR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
230 aa  167  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  0.0271875 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1537  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 
234 aa  166  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1426  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 
260 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05660  putative transcriptional regulator  41.41 
 
 
206 aa  165  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1833  TetR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
206 aa  165  5e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0771  transcriptional regulator, TetR family  44.72 
 
 
218 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.353788  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4876  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
208 aa  164  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0224524  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6233  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
230 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.275362  normal  0.0744328 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1598  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
230 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.535122  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2128  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 
251 aa  164  9e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0537  putative transcriptional regulator  41.41 
 
 
206 aa  164  9e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0683  TetR family transcriptional regulator  43.22 
 
 
216 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557469  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3641  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
206 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0507549  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6709  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 
230 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.408759  normal  0.497229 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0675  regulatory protein, TetR  44.22 
 
 
220 aa  162  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5968  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
230 aa  162  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.609129 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1799  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
206 aa  161  7e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  0.822653 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0479  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 
239 aa  161  7e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.676411  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0634  TetR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
220 aa  160  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000435144  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1810  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 
239 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0381  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 
239 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0594  TetR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
247 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0201579  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5348  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
230 aa  160  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.130352 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5724  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 
230 aa  160  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1492  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
239 aa  159  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0796  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
239 aa  159  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2113  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
239 aa  159  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.473372  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2423  TetR family transcriptional regulator  41.88 
 
 
214 aa  159  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0639  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 
220 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.307578  hitchhiker  0.000146714 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3453  transcriptional regulator TetR family  36.68 
 
 
213 aa  158  6e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3035  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 
225 aa  157  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.489456  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3699  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
220 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
211 aa  155  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0799  TetR family transcriptional regulator  43.37 
 
 
225 aa  155  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.126774  normal  0.374704 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4569  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
220 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000245113  hitchhiker  0.00602594 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4062  TetR family transcriptional regulator  41.49 
 
 
218 aa  154  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0185  TetR family transcriptional regulator  41.71 
 
 
210 aa  153  1e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141931  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0280  TetR family transcriptional regulator  41.62 
 
 
227 aa  152  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.980178  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0349  TetR family transcriptional regulator  41.45 
 
 
232 aa  153  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3290  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 
225 aa  153  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.413178  normal  0.0802991 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1818  TetR family transcriptional regulator  41.71 
 
 
210 aa  152  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.671958  normal  0.199135 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0294  TetR family transcriptional regulator  41.62 
 
 
227 aa  152  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136884  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1000  regulatory protein, TetR  38.5 
 
 
242 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1460  TetR family transcriptional regulator  39.9 
 
 
210 aa  152  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3444  TetR family transcriptional regulator  39.9 
 
 
206 aa  150  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2860  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 
226 aa  149  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.253372  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3493  TetR family transcriptional regulator  42.64 
 
 
222 aa  149  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50615  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1158  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 
218 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.91676  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2710  TetR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
203 aa  147  8e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.466457  normal  0.498996 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2365  TetR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
213 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227272  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1790  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 
251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02513  transcriptional regulator, TetR family protein  40.31 
 
 
214 aa  145  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6034  TetR family transcriptional regulator  39.47 
 
 
223 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4844  transcriptional regulator, TetR family  37.95 
 
 
252 aa  143  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1914  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
221 aa  141  6e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000166268  normal  0.222991 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0247  putative transcriptional regulator  41.58 
 
 
221 aa  141  7e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02090  TetR family transcriptional regulator  41.58 
 
 
221 aa  141  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1665  TetR family transcriptional regulator  36.87 
 
 
221 aa  140  9.999999999999999e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.271808  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1423  TetR family transcriptional regulator  37.43 
 
 
209 aa  140  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.6699 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1965  TetR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
210 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.885807  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  39.77 
 
 
203 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  39.31 
 
 
203 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  39.31 
 
 
203 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1539  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 
212 aa  137  7.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.162694 
 
 
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NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  37.77 
 
 
213 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0039  transcriptional regulator, TetR family  37.44 
 
 
228 aa  134  9e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
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NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  37.23 
 
 
213 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.18 
 
 
212 aa  132  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
212 aa  132  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.120721 
 
 
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NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  36.18 
 
 
212 aa  132  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  36.79 
 
 
212 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
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CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  36.79 
 
 
212 aa  132  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  36.79 
 
 
212 aa  132  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  36.79 
 
 
212 aa  132  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  36.79 
 
 
212 aa  132  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A1186  HTH-type transcriptional regulator RutR  35.6 
 
 
212 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151745  normal 
 
 
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NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  36.7 
 
 
213 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
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NC_008786  Veis_4153  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
234 aa  132  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_011149  SeAg_B1081  HTH-type transcriptional regulator RutR  35.6 
 
 
212 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011080  SNSL254_A1216  HTH-type transcriptional regulator RutR  35.6 
 
 
212 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.591915 
 
 
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NC_011083  SeHA_C1231  HTH-type transcriptional regulator RutR  35.6 
 
 
212 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  normal  0.680174 
 
 
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NC_009832  Spro_1824  TetR family transcriptional regulator  37.57 
 
 
224 aa  131  6e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87921  normal  0.175095 
 
 
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