More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4046 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_4046  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  435  1e-121  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.933953  normal  0.278605 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 540 aa  171  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 224 aa  124  9e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 225 aa  122  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 215 aa  101  9e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 222 aa  99.8  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3427  transcriptional regulator, TetR family  36.54 
 
 		 216 aa  99.8  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 225 aa  96.7  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2537  transcriptional regulator, TetR family  31.63 
 
 		 231 aa  92.8  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  92  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 213 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 211 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 213 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 213 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  36.63 
 
 		 218 aa  90.1  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  33.66 
 
 		 214 aa  89  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 211 aa  87.8  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 209 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  34.18 
 
 		 209 aa  85.1  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 202 aa  85.1  8e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 208 aa  83.6  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 192 aa  83.2  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3455  transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 		 245 aa  82  0.000000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  34.42 
 
 		 210 aa  81.3  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  31.48 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 209 aa  79.7  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  31.88 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 208 aa  78.2  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  35.62 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 212 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  36.94 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  33.82 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  28.29 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 234 aa  76.3  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 208 aa  75.9  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  29.88 
 
 		 216 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 210 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 210 aa  74.7  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  34.73 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 257 aa  73.6  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 220 aa  73.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  27.67 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 216 aa  72.4  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  27.6 
 
 		 237 aa  71.6  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  27.06 
 
 		 220 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0705  regulatory protein, TetR  29.68 
 
 		 211 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 225 aa  70.1  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  29.02 
 
 		 221 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 221 aa  70.5  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 228 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 216 aa  70.5  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 208 aa  70.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 207 aa  70.5  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_004310  BR1403  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 241 aa  69.7  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  27.06 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3111  transcriptional regulator, TetR family  34.22 
 
 		 203 aa  68.6  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.268901  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 244 aa  68.6  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0778  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 199 aa  68.2  0.00000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.308556  normal  0.547023 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  31.41 
 
 		 226 aa  67.8  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  30.91 
 
 		 191 aa  67.4  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 205 aa  67.8  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  31.1 
 
 		 207 aa  68.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2606  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 218 aa  67.8  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.193859  normal  0.0512709 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  31.1 
 
 		 207 aa  68.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 259 aa  67.8  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5237  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 233 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 		 213 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  38.16 
 
 		 204 aa  67.4  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5582  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 218 aa  67.4  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 289 aa  66.2  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4417  transcriptional regulator, TetR family  31.34 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1360  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 270 aa  65.5  0.0000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.100226  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 214 aa  65.5  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  34.17 
 
 		 209 aa  65.5  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  27.69 
 
 		 220 aa  65.1  0.0000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 231 aa  65.1  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  30.47 
 
 		 213 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  25.71 
 
 		 230 aa  64.3  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3394  transcriptional regulator, TetR family  29.46 
 
 		 220 aa  63.9  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222962 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1945  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  26.56 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3006  TetR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 194 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.313875  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 248 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3052  TetR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 194 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3021  TetR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 194 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49231  normal  0.167388 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 214 aa  63.2  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>