More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3455 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3455  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 245 aa  486  1e-136  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 224 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  44.31 
 
 		 225 aa  115  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2537  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 231 aa  108  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3915  transcriptional regulator, TetR family  35.43 
 
 		 215 aa  95.1  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 540 aa  90.1  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 215 aa  89.4  5e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  36.08 
 
 		 209 aa  86.7  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5237  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 233 aa  85.5  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3623  regulatory protein TetR  36.22 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.755125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3427  transcriptional regulator, TetR family  33.74 
 
 		 216 aa  77.8  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6393  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0255151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4046  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 222 aa  74.7  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.933953  normal  0.278605 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  34.64 
 
 		 222 aa  74.7  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5582  TetR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 218 aa  74.7  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  35.93 
 
 		 220 aa  74.3  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  34.59 
 
 		 236 aa  73.6  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 210 aa  72.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 211 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  32.14 
 
 		 212 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  34.88 
 
 		 216 aa  70.5  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 210 aa  70.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1945  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 225 aa  70.5  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 218 aa  70.1  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  33.86 
 
 		 191 aa  69.7  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0532  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 424 aa  68.9  0.00000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 208 aa  68.2  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 213 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  28.38 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2444  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 217 aa  67  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 208 aa  67  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 216 aa  67  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 228 aa  67  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 216 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 213 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 210 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
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NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 220 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 211 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 220 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 192 aa  65.9  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 259 aa  65.9  0.0000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 209 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 213 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  29.41 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  27.54 
 
 		 206 aa  63.9  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
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NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 206 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 206 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  29.56 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2606  transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.193859  normal  0.0512709 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 202 aa  63.2  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  30.27 
 
 		 213 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  63.2  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
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NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 257 aa  62.8  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 232 aa  62.4  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 236 aa  62  0.000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  26.54 
 
 		 219 aa  62  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 224 aa  62  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  31.01 
 
 		 225 aa  62  0.000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 		 226 aa  62  0.000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  28.1 
 
 		 224 aa  61.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 188 aa  61.6  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  26.45 
 
 		 221 aa  61.6  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 219 aa  61.6  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 219 aa  61.6  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 209 aa  61.6  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 225 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 220 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 216 aa  60.8  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  31.3 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
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NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
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NC_011988  Avi_5073  transcriptional regulator TetR family  26.71 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.479761  n/a   
 
 
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NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 206 aa  58.9  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
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NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 208 aa  58.5  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
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NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
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NC_007778  RPB_2237  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 228 aa  58.5  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
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NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 214 aa  58.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 208 aa  58.2  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
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