More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4417 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4417  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 207 aa  410  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 222 aa  98.2  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 540 aa  79.7  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2444  TetR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 217 aa  78.2  0.00000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5582  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5237  TetR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 233 aa  74.7  0.0000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 215 aa  73.9  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
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NC_011666  Msil_3427  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 216 aa  70.5  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4809  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 213 aa  69.3  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 207 aa  68.6  0.00000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 224 aa  68.2  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3915  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 215 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  27.23 
 
 		 225 aa  67  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  33.83 
 
 		 224 aa  67  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 204 aa  65.9  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 226 aa  65.9  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5533  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374337  normal  0.0421471 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  36.07 
 
 		 222 aa  64.7  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1456  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 211 aa  64.7  0.0000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1421  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 190 aa  64.3  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.216023 
 
 
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NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 218 aa  64.3  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
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NC_009485  BBta_6393  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 229 aa  63.2  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0255151  normal  1 
 
 
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NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  31.72 
 
 		 251 aa  63.2  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 236 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
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NC_007492  Pfl01_3058  TetR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 209 aa  62  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0466418 
 
 
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NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 214 aa  62  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
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NC_009050  Rsph17029_4044  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 214 aa  62  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 225 aa  61.6  0.000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
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NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 210 aa  61.6  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
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NC_009427  Saro_3644  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 210 aa  61.6  0.000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.106311  n/a   
 
 
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NC_007778  RPB_2237  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 228 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012848  Rleg_5253  transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 215 aa  61.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3771  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 223 aa  60.5  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  27.53 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
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NC_009921  Franean1_5637  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.766944 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
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NC_012912  Dd1591_0123  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_5045  transcriptional regulator, TetR family  29.31 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.301448 
 
 
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NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  32.79 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_4046  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 222 aa  58.9  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.933953  normal  0.278605 
 
 
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NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
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NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 228 aa  58.5  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_3896  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 200 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4219  transcriptional regulator, TetR family  32.76 
 
 		 202 aa  57.8  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 200 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_008578  Acel_1709  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal  0.0301663 
 
 
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NC_011831  Cagg_0356  transcriptional regulator, TetR family  29.58 
 
 		 235 aa  57  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00145185  hitchhiker  0.0000223354 
 
 
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NC_010172  Mext_3623  regulatory protein TetR  30.77 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.755125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 236 aa  57.4  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3455  transcriptional regulator, TetR family  31.54 
 
 		 245 aa  56.6  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 220 aa  56.6  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1712  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.149018  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1993  transcriptional regulator, TetR family  24.26 
 
 		 223 aa  55.5  0.0000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  28.85 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 203 aa  55.1  0.0000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 217 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  27.05 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 216 aa  54.7  0.0000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2537  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 231 aa  54.7  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 216 aa  54.7  0.0000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0406  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0181245  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 217 aa  54.3  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  28.81 
 
 		 219 aa  53.9  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 206 aa  53.9  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 206 aa  53.9  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  54.3  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 219 aa  54.7  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 200 aa  54.3  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  29.57 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 232 aa  53.5  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
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NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  31.62 
 
 		 250 aa  53.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 217 aa  53.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011371  Rleg2_6530  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 219 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.051486 
 
 
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NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 248 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
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NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  28.67 
 
 		 215 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009338  Mflv_5008  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 209 aa  53.9  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
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NC_009484  Acry_0093  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 229 aa  53.9  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
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