More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_3052 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_3052  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 183 aa  377  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.186092 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2270  TetR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 189 aa  128  5.0000000000000004e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48190  putative transcriptional regulator  35.96 
 
 		 186 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0114913  normal  0.0538885 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1649  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 192 aa  115  5e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.279043 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3845  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 193 aa  95.9  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1648  hypothetical protein  29.88 
 
 		 211 aa  89  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.273732 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2134  transcriptional regulator, TetR family  32.57 
 
 		 186 aa  87.8  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1060  transcriptional regulator, TetR family  35.96 
 
 		 186 aa  87  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0130577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3422  transcriptional regulator, TetR family  34.1 
 
 		 187 aa  85.5  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.296256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0913  transcriptional regulator, TetR family  35.43 
 
 		 186 aa  85.5  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3295  transcriptional regulator, TetR family  34.46 
 
 		 185 aa  85.1  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.457543 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 201 aa  79.7  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3102  regulatory protein TetR  33.53 
 
 		 187 aa  78.2  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.44802  normal  0.6435 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4264  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 181 aa  78.2  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 195 aa  77.8  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7842  TetR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341573  normal  0.515425 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 199 aa  74.7  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  26.78 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 194 aa  72.4  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0676  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 191 aa  72  0.000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.49013  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1146  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 194 aa  71.6  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 198 aa  71.2  0.000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2272  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 194 aa  71.2  0.000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1297  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 182 aa  70.5  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 202 aa  67.8  0.00000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4004  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 196 aa  67  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.638592  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  28.74 
 
 		 197 aa  67.4  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3993  transcriptional regulator, TetR family protein  25.13 
 
 		 194 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000102791  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 215 aa  66.6  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 		 226 aa  65.5  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4813  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0043  transcriptional regulator, TetR family  33.95 
 
 		 188 aa  62.8  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2110  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 		 200 aa  62  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0942807  normal  0.362877 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3948  transcriptional regulator, TetR family  23.73 
 
 		 180 aa  62  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3375  TetR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 196 aa  61.2  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  34.59 
 
 		 210 aa  61.2  0.000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1949  hypothetical protein  23.63 
 
 		 186 aa  60.8  0.000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4267  transcriptional regulator, TetR family  43.48 
 
 		 189 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28390  transcriptional regulator  27.91 
 
 		 195 aa  60.5  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C37  transcriptional regulator  25 
 
 		 191 aa  60.8  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4358  regulatory protein, TetR  28.11 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  29.34 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 196 aa  60.1  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3845  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00359694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 227 aa  59.7  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  26.52 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0795  TetR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 199 aa  59.7  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00985009  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1938  hypothetical protein  23.98 
 
 		 186 aa  59.3  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2392  TetR family transcriptional regulator  22.03 
 
 		 198 aa  59.3  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0101662  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1255  TetR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2640  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2610  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.965658  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2654  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.569555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 193 aa  58.5  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3566  transcriptional regulator, TetR family  25.54 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2320  TetR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 195 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  27.07 
 
 		 194 aa  58.2  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3452  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 205 aa  58.2  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0294937  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1467  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 192 aa  57.8  0.00000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.861342  normal  0.113855 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0421  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 198 aa  57.4  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1966  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 188 aa  57  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4887  putative TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 191 aa  55.8  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109337  normal  0.0985913 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  32.82 
 
 		 219 aa  55.5  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  38.95 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9229  transcriptional regulator TetR family  28.73 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  31.09 
 
 		 310 aa  55.1  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7118  putative transcriptional regulator, TetR family  25.81 
 
 		 186 aa  55.1  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0105564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 231 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4482  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 197 aa  54.7  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14402  normal  0.0182705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5004  transcriptional regulator, TetR family  25.89 
 
 		 194 aa  54.7  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0270987  normal  0.0251839 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  26.83 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1590  transcriptional regulator, TetR family  54.9 
 
 		 231 aa  54.7  0.0000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.299217  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  51.92 
 
 		 214 aa  54.7  0.0000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1777  regulatory protein TetR  27.57 
 
 		 195 aa  54.3  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.731609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  20.67 
 
 		 202 aa  53.9  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2631  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 197 aa  53.9  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0870793 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2704  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 203 aa  53.9  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1734  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 191 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.390922 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 198 aa  53.9  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5956  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 188 aa  53.9  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.49488 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0587  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 198 aa  53.9  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 212 aa  54.3  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6146  transcriptional regulator, TetR family  25.27 
 
 		 195 aa  53.5  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  30.58 
 
 		 229 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 212 aa  53.1  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  42.86 
 
 		 206 aa  53.1  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08040  transcriptional regulator  32.32 
 
 		 203 aa  53.1  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0073  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3160  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 205 aa  53.1  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000883166 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 205 aa  53.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2113  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 194 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.508898 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 211 aa  53.1  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>