More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0557 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  100 
 
 		 251 aa  526  1e-148  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1922  transcriptional regulator, TetR family  35.6 
 
 		 201 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 206 aa  75.5  0.0000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0882  transcriptional regulator, TetR family  30.9 
 
 		 233 aa  75.1  0.0000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0801  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 254 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1961  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 254 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.140222  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0472  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 254 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1609  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 254 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4685  transcriptional regulator, TetR family  26.6 
 
 		 259 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0466377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0543  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 254 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.387034  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0655  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 254 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.64003  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2057  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 254 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.649855  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0946  TetR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 258 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.806854  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0959  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0776064  normal  0.539269 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  34.02 
 
 		 196 aa  72.4  0.000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 212 aa  71.6  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2600  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 217 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3465  TetR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 248 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.980317  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2545  TetR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 217 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0577985  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 206 aa  71.2  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2815  transcriptional regulator, TetR family  48.48 
 
 		 217 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000266483 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 324 aa  70.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2508  transcriptional regulator, TetR family  48.48 
 
 		 217 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1936  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 193 aa  70.5  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1634  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.681802  normal  0.225704 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3563  TetR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 254 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.473219 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5122  TetR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243003  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2282  TetR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 217 aa  69.3  0.00000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2557  transcriptional regulator, TetR family  46.27 
 
 		 217 aa  68.9  0.00000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.15322e-23 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 242 aa  69.3  0.00000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2353  TetR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 217 aa  68.9  0.00000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.384863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2366  TetR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 217 aa  68.6  0.00000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.711286  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2543  TetR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 217 aa  68.6  0.00000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 228 aa  67.8  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2324  TetR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 217 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000190708  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 188 aa  68.2  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 228 aa  67  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  32.48 
 
 		 218 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5031  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 248 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 210 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4589  TetR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 248 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.954889 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 226 aa  67  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0422  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 248 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2743  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 188 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.673676  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05370  transcriptional regulator, TetR family  23.5 
 
 		 205 aa  66.2  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000643211  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 214 aa  66.2  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 210 aa  66.2  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  27.81 
 
 		 230 aa  65.9  0.0000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 214 aa  65.5  0.0000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 231 aa  65.1  0.0000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3016  transcriptional regulator, TetR family  30.84 
 
 		 209 aa  65.1  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.150997  normal  0.125451 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 211 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2836  transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 		 207 aa  64.7  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00562159  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3126  TetR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 248 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.068587  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0177  TetR family transcriptional regulator  21.81 
 
 		 190 aa  64.7  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5241  TetR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 248 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.927318 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0765  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 228 aa  64.7  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13324  TetR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 221 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.119785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 204 aa  64.7  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 193 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2991  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 188 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0384605  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0117  transcriptional regulator, TetR family  32.17 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.678219 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2742  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 188 aa  63.9  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.845467  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2951  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 188 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.418779999999999e-31 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2692  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 188 aa  63.9  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0469224  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2671  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 188 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.083497  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  35.48 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2951  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 188 aa  63.9  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2367  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 202 aa  64.7  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.445055  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0972  TetR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.93446  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2997  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 188 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000711023  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 209 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 221 aa  63.5  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2120  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 234 aa  63.5  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.249669 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  46.48 
 
 		 209 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1468  TetR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 260 aa  63.2  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2954  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 188 aa  63.2  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4417  transcriptional regulator, TetR family  31.72 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  31.78 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0810  transcriptional regulator  26.01 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  0.19914 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0092  transcriptional regulator, TetR family  26.6 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00302716  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 255 aa  62.8  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2871  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2502  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0868  transcriptional regulator, TetR family  50.94 
 
 		 222 aa  62.8  0.000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000486929  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0110  transcriptional regulator, TetR family  31.3 
 
 		 225 aa  62.4  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1986  TetR family transcriptional regulator  21.46 
 
 		 218 aa  62.4  0.000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0191052  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 219 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 217 aa  62  0.000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 247 aa  62  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1324  nucleoid occlusion protein  33.9 
 
 		 231 aa  62  0.000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.892359 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2286  transcriptional regulator, TetR family  27.63 
 
 		 188 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000280215 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  46.97 
 
 		 225 aa  61.6  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8200  putative transcriptional regulator, TetR family  43.48 
 
 		 237 aa  61.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3092  transcriptional regulator, TetR family  36.78 
 
 		 185 aa  61.2  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0725563 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>