More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3207 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 204 aa  418  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  86.39 
 
 		 205 aa  343  1e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  79.8 
 
 		 205 aa  338  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  79.8 
 
 		 205 aa  338  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  79.8 
 
 		 205 aa  338  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  77.83 
 
 		 205 aa  331  6e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  77.83 
 
 		 205 aa  330  7.000000000000001e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  78.53 
 
 		 205 aa  320  7e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  77.72 
 
 		 207 aa  313  9.999999999999999e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  74.21 
 
 		 205 aa  308  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  70.44 
 
 		 205 aa  300  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  67.82 
 
 		 205 aa  297  7e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  70.98 
 
 		 205 aa  289  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  62.24 
 
 		 204 aa  265  4e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  64.36 
 
 		 204 aa  265  5e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  62.56 
 
 		 205 aa  259  2e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  59.11 
 
 		 206 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  58.13 
 
 		 204 aa  249  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  64.97 
 
 		 204 aa  244  6e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  58.13 
 
 		 204 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  63.33 
 
 		 204 aa  241  3.9999999999999997e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  64.84 
 
 		 205 aa  237  6.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  60.99 
 
 		 204 aa  234  7e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  54.92 
 
 		 205 aa  214  9e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 202 aa  202  3e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  42.36 
 
 		 204 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 211 aa  97.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 204 aa  97.8  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  36.14 
 
 		 207 aa  96.7  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 201 aa  96.7  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 207 aa  96.7  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 208 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 		 200 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  29.51 
 
 		 205 aa  92.4  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  35.51 
 
 		 196 aa  92.4  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 204 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 204 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 203 aa  87  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  29.78 
 
 		 204 aa  85.5  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 203 aa  84.3  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 201 aa  82.4  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 202 aa  75.5  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  30.07 
 
 		 202 aa  74.7  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 209 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 201 aa  68.9  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 199 aa  64.3  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  25.86 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  25.86 
 
 		 243 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  25.86 
 
 		 243 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 188 aa  61.6  0.000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  29.38 
 
 		 222 aa  60.8  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  27.61 
 
 		 242 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0452  regulatory protein TetR  29.86 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  27.04 
 
 		 193 aa  59.7  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3361  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 238 aa  59.7  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.752589  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  25.16 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30260  transcriptional regulator  31.5 
 
 		 400 aa  58.9  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.473296 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  26.22 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1887  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 202 aa  58.5  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.943502 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 195 aa  58.2  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 191 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 217 aa  57  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5318  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1934  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0322407  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16700  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  34.03 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 228 aa  57.4  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2601  regulatory protein, TetR  26.38 
 
 		 224 aa  57  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.354794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1440  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0208928 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  27.45 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20320  transcriptional regulator, TetR family  37.62 
 
 		 203 aa  55.1  0.0000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 190 aa  54.7  0.0000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 211 aa  53.9  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 202 aa  54.7  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  28.28 
 
 		 211 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 190 aa  53.9  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  24.39 
 
 		 200 aa  54.3  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2516  transcriptional regulator, TetR family  26.25 
 
 		 188 aa  53.9  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5264  transcriptional regulator, TetR family  35.37 
 
 		 470 aa  53.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.641699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2636  TetR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 205 aa  53.9  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2704  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 203 aa  53.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4517  TetR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 205 aa  53.9  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000667757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1503  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 215 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0825242 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>