More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0822 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 205 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  73.17 
 
 		 205 aa  321  4e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  73.17 
 
 		 205 aa  321  6e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  74.23 
 
 		 205 aa  317  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  71.71 
 
 		 205 aa  314  6e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
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NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  71.71 
 
 		 205 aa  314  6e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  71.71 
 
 		 205 aa  314  6e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  74.21 
 
 		 204 aa  309  2e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
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NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  67.32 
 
 		 205 aa  306  1.0000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  67.8 
 
 		 205 aa  303  9.000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  70.1 
 
 		 205 aa  303  1.0000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  72.68 
 
 		 207 aa  299  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  70.47 
 
 		 205 aa  290  7e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 205 aa  267  8.999999999999999e-71  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  61.84 
 
 		 206 aa  265  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
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NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  59.02 
 
 		 204 aa  247  7e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  58.25 
 
 		 204 aa  246  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 204 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
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NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  54.5 
 
 		 204 aa  237  8e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
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NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  60.87 
 
 		 205 aa  228  5e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  59.44 
 
 		 204 aa  226  1e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
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NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  57.75 
 
 		 204 aa  224  6e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  52.68 
 
 		 205 aa  219  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  57.46 
 
 		 204 aa  219  3e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
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NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  49.01 
 
 		 202 aa  210  9e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  45.08 
 
 		 204 aa  186  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
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NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 211 aa  97.1  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 201 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
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NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 205 aa  92.4  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
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NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  33.13 
 
 		 207 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
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NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 		 207 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 200 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 204 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
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NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 204 aa  87.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  36.09 
 
 		 196 aa  87  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 204 aa  86.3  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 208 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 203 aa  81.6  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
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NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 201 aa  77  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 202 aa  75.5  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 202 aa  75.1  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 209 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 201 aa  68.6  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
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NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  22.53 
 
 		 243 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
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NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
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NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  22.54 
 
 		 243 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
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NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
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NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  22.54 
 
 		 243 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
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NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 194 aa  60.5  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 195 aa  59.7  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
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NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  27.16 
 
 		 222 aa  58.5  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 190 aa  58.2  0.00000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  25.61 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 190 aa  58.2  0.00000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 199 aa  57.8  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  24.53 
 
 		 196 aa  57  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2601  regulatory protein, TetR  35.71 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.354794  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  25.64 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  29.05 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0452  regulatory protein TetR  28.22 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1827  regulatory protein, TetR  27.89 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8965  putative transcriptional regulator, TetR family  29.49 
 
 		 173 aa  56.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1958  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 251 aa  55.1  0.0000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455038  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0612  transcriptional regulator, TetR family  27.4 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  28.32 
 
 		 230 aa  55.5  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 193 aa  55.1  0.0000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  27.08 
 
 		 200 aa  54.7  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 224 aa  54.7  0.0000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2516  transcriptional regulator, TetR family  31.41 
 
 		 188 aa  54.7  0.0000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1776  transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 		 218 aa  54.3  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0293549  n/a   
 
 
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NC_013061  Phep_3625  regulatory protein TetR  47.37 
 
 		 191 aa  54.3  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1887  TetR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 202 aa  53.1  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.943502 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6487  transcriptional regulator, TetR family  30.14 
 
 		 195 aa  53.5  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  22.29 
 
 		 191 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  25.45 
 
 		 204 aa  53.5  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  28.28 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2636  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 205 aa  53.1  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4517  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 205 aa  53.1  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000667757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5318  transcriptional regulator, TetR family  32.63 
 
 		 197 aa  53.1  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  24.63 
 
 		 242 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
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NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 220 aa  52.4  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013162  Coch_2174  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 206 aa  52.4  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  25.95 
 
 		 198 aa  52.4  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
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NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 211 aa  52  0.000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
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NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 211 aa  52  0.000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_007493  RSP_2853  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 213 aa  52  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.788684  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 242 aa  51.6  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
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NC_007643  Rru_A1934  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 202 aa  51.6  0.000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0322407  n/a   
 
 
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NC_013205  Aaci_0081  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 202 aa  51.6  0.000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_1440  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 213 aa  52  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0208928 
 
 
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