More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2216 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 203 aa  417  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  71.21 
 
 		 204 aa  293  8e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  67.82 
 
 		 211 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  70.65 
 
 		 203 aa  286  2e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  70.26 
 
 		 204 aa  281  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  68.02 
 
 		 204 aa  280  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  53.97 
 
 		 205 aa  208  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 201 aa  208  5e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  54.89 
 
 		 200 aa  202  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  45.41 
 
 		 196 aa  201  6e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 205 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  42.93 
 
 		 201 aa  166  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 208 aa  164  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  43.37 
 
 		 207 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  43.37 
 
 		 207 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  43.96 
 
 		 202 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  43.96 
 
 		 202 aa  159  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 209 aa  156  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 201 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 204 aa  116  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 195 aa  90.5  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 208 aa  91.3  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  34.88 
 
 		 196 aa  90.5  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 204 aa  89.4  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 205 aa  88.6  5e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 		 202 aa  88.2  8e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  31.55 
 
 		 204 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 205 aa  87.4  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  32.16 
 
 		 204 aa  87  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
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NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 195 aa  86.7  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 204 aa  86.3  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 224 aa  85.9  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 205 aa  85.5  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 204 aa  84.7  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 204 aa  84.7  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 205 aa  84.3  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 206 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  33.11 
 
 		 204 aa  81.6  0.000000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  29.86 
 
 		 205 aa  81.6  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 205 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 205 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  30.91 
 
 		 222 aa  80.9  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  31.97 
 
 		 205 aa  80.5  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
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NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  32.16 
 
 		 205 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  28.82 
 
 		 205 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
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NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 205 aa  79  0.00000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 205 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 205 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 205 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 205 aa  78.6  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 204 aa  77.8  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  34.71 
 
 		 200 aa  76.3  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  32.53 
 
 		 200 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 194 aa  73.2  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 193 aa  72.8  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 243 aa  68.6  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 191 aa  68.2  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 243 aa  68.2  0.00000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  28.8 
 
 		 243 aa  68.2  0.00000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  32.75 
 
 		 242 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 242 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1420  hypothetical protein  40.45 
 
 		 101 aa  64.3  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57852  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2324  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 195 aa  63.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 213 aa  61.6  0.000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0464  transcriptional regulator, TetR family  52.17 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0428  transcriptional regulator, TetR family  52.17 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  52.17 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  43.48 
 
 		 223 aa  57  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  22.01 
 
 		 197 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0612  transcriptional regulator, TetR family  30.07 
 
 		 204 aa  53.9  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 211 aa  53.9  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  29.56 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3897  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  29.3 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 209 aa  52.4  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  28.3 
 
 		 211 aa  52.8  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3625  regulatory protein TetR  41.07 
 
 		 191 aa  52  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  39.51 
 
 		 194 aa  52  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3910  TetR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 242 aa  51.6  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.104674 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  27.21 
 
 		 242 aa  51.2  0.000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3574  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 187 aa  51.6  0.000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.383795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 221 aa  51.6  0.000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0724  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 224 aa  51.6  0.000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 217 aa  50.8  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 216 aa  51.2  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 202 aa  51.2  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
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NC_008146  Mmcs_1587  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.568163  n/a   
 
 
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NC_008705  Mkms_1611  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0181002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2880  TetR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 195 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009077  Mjls_1557  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.873387  normal  0.65945 
 
 
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NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  40.32 
 
 		 196 aa  50.8  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 208 aa  50.1  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 291 aa  50.1  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
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