More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3897 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3897  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  442  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1684  TetR family transcriptional regulator  73.66 
 
 		 228 aa  300  7.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.828148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4794  transcriptional regulator, TetR family  74.37 
 
 		 232 aa  292  3e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1071  TetR family transcriptional regulator  65.09 
 
 		 240 aa  260  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3149  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2995  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 211 aa  126  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.428403  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2213  putative transcription regulator transcription regulator protein  34.05 
 
 		 236 aa  122  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2017  transcriptional regulator, TetR family  34.05 
 
 		 236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2411  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 236 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 208 aa  73.9  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 223 aa  72  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 201 aa  72  0.000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2271  transcriptional regulator  29.17 
 
 		 209 aa  68.9  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2310  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 220 aa  68.6  0.00000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  decreased coverage  0.00710043 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0835  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 201 aa  68.6  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.861936  normal  0.897725 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 220 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 194 aa  67  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 193 aa  66.2  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0295  transcriptional regulator, TetR family  29.31 
 
 		 220 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107513  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1887  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 202 aa  65.5  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.943502 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 201 aa  65.1  0.0000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 219 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 246 aa  64.3  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 260 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 238 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 231 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  28.34 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 217 aa  62  0.000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10159  TetR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 214 aa  61.6  0.000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  26.63 
 
 		 252 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2162  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0662359 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2869  TetR family transcriptional regulator  22.8 
 
 		 285 aa  60.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  29.05 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1604  AcrR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.388293  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  25.88 
 
 		 189 aa  60.1  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0402  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.498778  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  23.49 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0108  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.244027  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0117  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0523426 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  23.24 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0098  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.31231  normal  0.349087 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1380  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000685689  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0231  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 209 aa  58.2  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 234 aa  58.2  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1851  transcriptional regulator, TetR family  25.79 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.144681  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0931  transcriptional regulator, TetR family  24.17 
 
 		 215 aa  58.2  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.588864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2055  TetR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7113  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 240 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  24.35 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1958  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 251 aa  57.4  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455038  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 211 aa  57  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4066  transcriptional regulator, TetR family  24.48 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0051  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 250 aa  57  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0719  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 209 aa  57  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  25.28 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3750  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0054  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 250 aa  56.6  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2481  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  29.05 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1011  TetR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 770 aa  56.2  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2747  TetR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.02505  normal  0.237475 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  41.07 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0024  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0126  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 224 aa  55.1  0.0000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  31.32 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 219 aa  55.1  0.0000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 203 aa  54.3  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2454  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 216 aa  54.7  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0537  putative transcriptional regulator  33.68 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05660  putative transcriptional regulator  33.68 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 212 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.46 
 
 		 217 aa  54.3  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 242 aa  54.3  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 216 aa  54.7  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1799  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  0.822653 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4561  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 212 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.286179  normal  0.0846577 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 207 aa  53.9  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>