More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1011 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1011  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 770 aa  1596    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1017  O-succinylbenzoate--CoA ligase  51.23 
 
 		 552 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3772  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  49.62 
 
 		 531 aa  528  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.910601 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1057  AMP-dependent synthetase and ligase  49.9 
 
 		 545 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1189  AMP-dependent synthetase and ligase  49.15 
 
 		 548 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1195  AMP-dependent synthetase and ligase  48.39 
 
 		 544 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  48.85 
 
 		 521 aa  470  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1028  putative AMP-dependent synthetase and ligase  47.09 
 
 		 530 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0219794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  47.61 
 
 		 530 aa  426  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.71 
 
 		 520 aa  305  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  37.53 
 
 		 520 aa  300  7e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1261  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 546 aa  300  8e-80  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0532703  hitchhiker  0.000000308481 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0558  AMP-dependent synthetase and ligase  36.51 
 
 		 584 aa  295  2e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.36 
 
 		 514 aa  291  2e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  34.22 
 
 		 525 aa  287  5e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6078  AMP-dependent synthetase and ligase  34.46 
 
 		 553 aa  286  1.0000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.225727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.83 
 
 		 520 aa  284  4.0000000000000003e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2032  AMP-dependent synthetase and ligase  35.8 
 
 		 551 aa  284  4.0000000000000003e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.367958 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  35.4 
 
 		 518 aa  283  9e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  34.84 
 
 		 518 aa  279  1e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  35.36 
 
 		 521 aa  276  1.0000000000000001e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  34.25 
 
 		 518 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 512 aa  276  1.0000000000000001e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  34.78 
 
 		 516 aa  275  3e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 630 aa  273  6e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  35.9 
 
 		 550 aa  268  2e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2153  AMP-dependent synthetase and ligase  32.61 
 
 		 591 aa  268  2.9999999999999995e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0250663 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  34.93 
 
 		 524 aa  268  4e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  34.74 
 
 		 525 aa  267  5e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  34.4 
 
 		 552 aa  267  5.999999999999999e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 515 aa  266  8.999999999999999e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.87 
 
 		 512 aa  266  2e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 		 508 aa  264  6e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 509 aa  263  8e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  33.61 
 
 		 520 aa  263  8.999999999999999e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  34.41 
 
 		 662 aa  263  8.999999999999999e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  34.96 
 
 		 555 aa  263  1e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  35.73 
 
 		 520 aa  263  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 		 510 aa  262  2e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 		 498 aa  262  2e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  38.22 
 
 		 500 aa  262  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 		 510 aa  262  2e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 		 510 aa  261  3e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 		 499 aa  261  3e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 		 510 aa  261  3e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 		 510 aa  261  3e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 		 526 aa  261  3e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.99 
 
 		 510 aa  261  4e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  34.19 
 
 		 518 aa  261  4e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 		 510 aa  261  5.0000000000000005e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 		 510 aa  260  5.0000000000000005e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.99 
 
 		 510 aa  261  5.0000000000000005e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10167  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.94 
 
 		 554 aa  260  7e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.73 
 
 		 556 aa  259  9e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.73 
 
 		 556 aa  259  9e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4042  AMP-dependent synthetase and ligase  34 
 
 		 582 aa  259  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 		 518 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  34.98 
 
 		 515 aa  259  1e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  34.15 
 
 		 518 aa  259  1e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.73 
 
 		 556 aa  259  1e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  34.98 
 
 		 515 aa  259  1e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  34.26 
 
 		 520 aa  259  2e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.39 
 
 		 510 aa  258  3e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4746  putative o-succinylbenzoate--CoA synthetase  33.15 
 
 		 601 aa  258  4e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0885272 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2654  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 		 587 aa  258  4e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.89 
 
 		 510 aa  257  5e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.25 
 
 		 517 aa  257  6e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.25 
 
 		 517 aa  257  6e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.25 
 
 		 517 aa  257  6e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  34.52 
 
 		 553 aa  256  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4702  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 506 aa  255  2.0000000000000002e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  32.6 
 
 		 518 aa  254  4.0000000000000004e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  33.58 
 
 		 561 aa  254  4.0000000000000004e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0812  AMP-dependent synthetase and ligase  35.38 
 
 		 508 aa  253  7e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.39 
 
 		 567 aa  253  8.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  29.24 
 
 		 518 aa  253  1e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 		 514 aa  253  1e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  32.53 
 
 		 565 aa  253  1e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 532 aa  251  2e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  31.9 
 
 		 513 aa  252  2e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 530 aa  251  4e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  32.33 
 
 		 555 aa  250  6e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 519 aa  250  7e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13106  fatty-acid-CoA ligase fadD13  32.38 
 
 		 503 aa  249  1e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 509 aa  249  2e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4063  AMP-binding domain protein  34.21 
 
 		 560 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.365849  normal  0.0336017 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  36.21 
 
 		 517 aa  248  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 506 aa  248  3e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  33.69 
 
 		 516 aa  248  4e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.8 
 
 		 579 aa  248  4e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  33.54 
 
 		 495 aa  247  4.9999999999999997e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3129  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 		 534 aa  247  4.9999999999999997e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.09 
 
 		 519 aa  247  4.9999999999999997e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.71 
 
 		 570 aa  247  6.999999999999999e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 		 511 aa  247  6.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.07 
 
 		 569 aa  246  9e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.58 
 
 		 568 aa  246  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3818  AMP-dependent synthetase and ligase  32.74 
 
 		 501 aa  246  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 509 aa  245  1.9999999999999999e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.4 
 
 		 568 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>