More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2271 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2271  transcriptional regulator  100 
 
 		 209 aa  424  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0835  TetR family transcriptional regulator  67.69 
 
 		 201 aa  266  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.861936  normal  0.897725 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2055  TetR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 206 aa  256  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0402  TetR family transcriptional regulator  66.15 
 
 		 196 aa  252  3e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.498778  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2162  TetR family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 209 aa  248  3e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0662359 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  63.59 
 
 		 193 aa  241  3.9999999999999997e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  60.71 
 
 		 194 aa  218  3.9999999999999997e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 234 aa  171  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0295  transcriptional regulator, TetR family  45.13 
 
 		 220 aa  165  5e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107513  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2310  TetR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 220 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  decreased coverage  0.00710043 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 212 aa  155  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2785  TetR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 196 aa  139  3.9999999999999997e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256269 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 201 aa  100  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1887  TetR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 202 aa  92  6e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.943502 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  36 
 
 		 200 aa  88.6  5e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4938  transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262917  normal  0.206147 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2869  TetR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 285 aa  80.9  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1958  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 251 aa  78.6  0.00000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455038  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 202 aa  78.2  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1827  regulatory protein, TetR  29.65 
 
 		 196 aa  77.8  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  29.31 
 
 		 188 aa  77  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 200 aa  75.9  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2235  transcriptional regulator, TetR family  32.48 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170733  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0231  transcriptional regulator, TetR family  30.49 
 
 		 200 aa  72.4  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3862  regulatory protein, TetR  28.3 
 
 		 202 aa  72  0.000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.07928  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  28.09 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 208 aa  71.6  0.000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  29.5 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  27.12 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3897  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 213 aa  68.9  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  25.14 
 
 		 208 aa  66.6  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0836  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 203 aa  66.6  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.177404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4520  regulatory protein TetR  29.24 
 
 		 228 aa  67  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  26.96 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4006  transcriptional regulator, TetR family  35.67 
 
 		 202 aa  65.9  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5475  putative transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 232 aa  65.1  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0120226 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 198 aa  64.7  0.0000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3999  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1684  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 228 aa  63.2  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.828148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0817  TetR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.577348  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16700  transcriptional regulator  25.15 
 
 		 211 aa  62  0.000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2216  TetR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 189 aa  62  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.191802  normal  0.0189795 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 211 aa  62  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  30.57 
 
 		 207 aa  62  0.000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  29.51 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05345  transcriptional regulator, tetR family protein  20.61 
 
 		 190 aa  61.2  0.000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  hitchhiker  0.00749651  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 223 aa  61.2  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4794  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 232 aa  61.2  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 200 aa  61.2  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2248  TetR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 222 aa  61.2  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0660336  normal  0.0152181 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2551  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48532  normal  0.51431 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2348  transcriptional regulator, TetR family  28.02 
 
 		 222 aa  60.8  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0187157  normal  0.0306872 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  28.34 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3566  regulatory protein TetR  27.12 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  23.33 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2233  transcriptional regulator, TetR family  28.3 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0329344  normal  0.539811 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 246 aa  60.1  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10159  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  28.57 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 193 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  25.44 
 
 		 189 aa  58.2  0.00000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2768  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.379756  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1145  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1851  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.144681  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  24.26 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2924  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288766  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 193 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30540  transcriptional regulator, TetR family  33.01 
 
 		 195 aa  57  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4092  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 206 aa  57  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0626  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1516  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0293  TetR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1071  TetR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 240 aa  55.1  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1920  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 222 aa  55.1  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0117  transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 		 225 aa  55.1  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.678219 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2995  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 211 aa  54.7  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.428403  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 193 aa  55.1  0.0000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  25.62 
 
 		 229 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 228 aa  54.3  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  24.85 
 
 		 213 aa  53.9  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1384  TetR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 225 aa  54.7  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00670258  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1833  regulatory protein, TetR  22.7 
 
 		 236 aa  54.7  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 219 aa  54.3  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 242 aa  54.7  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  23.44 
 
 		 208 aa  54.3  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0810  transcriptional regulator  31.16 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  0.19914 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>