More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3750 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3750  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  471  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4729  TetR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 240 aa  135  4e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0750  transcriptional regulator, TetR family  27.93 
 
 		 236 aa  96.7  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0322855 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1103  transcriptional regulator, TetR family  26.76 
 
 		 248 aa  96.7  3e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.575371  normal  0.523139 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 211 aa  92.4  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  31.93 
 
 		 211 aa  91.7  9e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 211 aa  90.1  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  31.93 
 
 		 211 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 211 aa  90.1  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 211 aa  90.1  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 211 aa  90.1  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  32.34 
 
 		 211 aa  90.1  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 209 aa  89.7  4e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  30.86 
 
 		 216 aa  88.6  7e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1380  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 214 aa  87.4  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000685689  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3546  transcriptional regulator, TetR family  33.95 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.726096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0355  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 195 aa  79  0.00000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0024  TetR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  32.22 
 
 		 196 aa  74.7  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4561  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 212 aa  72  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.286179  normal  0.0846577 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5185  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 212 aa  72  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5674  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 212 aa  72  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166194  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1156  transcriptional regulator, TetR family  28.88 
 
 		 227 aa  71.2  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2734  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 225 aa  68.9  0.00000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 212 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0260  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 234 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2028  TetR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 222 aa  65.1  0.0000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.578288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4076  putative transcriptional regulator  29.89 
 
 		 204 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462339  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2203  TetR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 206 aa  63.9  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0627793  hitchhiker  0.000036044 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1114  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1604  AcrR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 221 aa  63.2  0.000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.388293  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2156  transcriptional regulator, TetR family  30.37 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.362049 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3896  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 211 aa  62.8  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0059  transcriptional regulator, TetR family  26.98 
 
 		 194 aa  62.8  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00007304  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0870  transcriptional regulator, TetR family  32.37 
 
 		 186 aa  62  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.65823  normal  0.649746 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 199 aa  61.6  0.000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1623  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 205 aa  61.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2411  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.147912 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47240  putative transcriptional regulator  37.78 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0265  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1550  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  29.46 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  29.46 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  29.46 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  29.46 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  38.36 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3299  transcriptional regulator, TetR family  50.94 
 
 		 307 aa  59.7  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  29.46 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  29.46 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  28.09 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2995  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.428403  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  31.79 
 
 		 207 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 194 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  36.78 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0268  transcriptional regulator, TetR family  26.71 
 
 		 198 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2551  regulatory protein TetR  47.69 
 
 		 190 aa  57.4  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3897  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3328  regulatory protein, TetR  40.62 
 
 		 187 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3198  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00193732  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1283  TetR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 194 aa  56.6  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000248972  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0272  TetR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  27.12 
 
 		 201 aa  57  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0272  TetR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0432  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 237 aa  57  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  36.14 
 
 		 230 aa  56.6  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0264  TetR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3824  TetR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.472754 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  26.97 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1991  transcriptional regulator, TetR family  31.45 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1538  TetR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.891192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3862  regulatory protein, TetR  32.35 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.07928  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  26.97 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1447  TetR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.268108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1287  regulatory protein, TetR  32 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2695  transcriptional regulator, TetR family  34.02 
 
 		 185 aa  55.1  0.0000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000333836  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0828  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 225 aa  55.5  0.0000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6228  transcriptional regulator, TetR family  37.8 
 
 		 194 aa  55.1  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.301912  normal  0.923303 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3554  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 219 aa  55.1  0.0000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.725934  normal  0.0606309 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  32.52 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0736  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0670  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.591564 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2667  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 196 aa  54.7  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.182644  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2644  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 196 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.773011  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 238 aa  54.7  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  30.97 
 
 		 219 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0117  transcriptional regulator, TetR family  30.68 
 
 		 225 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.678219 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2934  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 196 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2922  transcriptional regulator, TetR family  50.98 
 
 		 204 aa  54.7  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>