More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0295 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_0295  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 220 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107513  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2310  TetR family transcriptional regulator  89.09 
 
 		 220 aa  382  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  decreased coverage  0.00710043 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  54.12 
 
 		 212 aa  210  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  48.43 
 
 		 234 aa  208  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2785  TetR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 196 aa  199  1.9999999999999998e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256269 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2055  TetR family transcriptional regulator  48.73 
 
 		 206 aa  182  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2162  TetR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 209 aa  182  3e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0662359 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0835  TetR family transcriptional regulator  48.73 
 
 		 201 aa  181  6e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.861936  normal  0.897725 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0402  TetR family transcriptional regulator  48.22 
 
 		 196 aa  178  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.498778  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2271  transcriptional regulator  45.13 
 
 		 209 aa  170  2e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 193 aa  160  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 194 aa  157  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1887  TetR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 202 aa  105  6e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.943502 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  30.6 
 
 		 202 aa  105  8e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4938  transcriptional regulator, TetR family  31.88 
 
 		 223 aa  97.4  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262917  normal  0.206147 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1958  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 251 aa  91.7  9e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455038  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2869  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 285 aa  90.5  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3862  regulatory protein, TetR  33.33 
 
 		 202 aa  90.5  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.07928  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 201 aa  87.4  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  32.42 
 
 		 188 aa  87.4  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5475  putative transcriptional regulator, TetR family  33.71 
 
 		 232 aa  87.4  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0120226 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  30.77 
 
 		 200 aa  84.7  9e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2235  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 235 aa  80.9  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170733  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  29.53 
 
 		 213 aa  80.9  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 208 aa  79.3  0.00000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 216 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 202 aa  78.6  0.00000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2216  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 189 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.191802  normal  0.0189795 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1833  regulatory protein, TetR  27.42 
 
 		 236 aa  77  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 200 aa  76.3  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2233  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 		 246 aa  76.6  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0329344  normal  0.539811 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 223 aa  75.9  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0817  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 210 aa  75.9  0.0000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.577348  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  31.46 
 
 		 201 aa  75.9  0.0000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  24.73 
 
 		 208 aa  75.9  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 215 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4794  transcriptional regulator, TetR family  32.77 
 
 		 232 aa  75.1  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 207 aa  74.7  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0913  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 195 aa  73.6  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.269174  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05345  transcriptional regulator, tetR family protein  23.16 
 
 		 190 aa  73.6  0.000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  hitchhiker  0.00749651  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  28.41 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1071  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 231 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 240 aa  73.2  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  28.41 
 
 		 252 aa  73.2  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2995  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 211 aa  72  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.428403  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4520  regulatory protein TetR  28.03 
 
 		 228 aa  72  0.000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1684  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 228 aa  71.6  0.000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.828148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 238 aa  71.6  0.000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0231  transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 200 aa  71.6  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  24.21 
 
 		 212 aa  71.6  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  30.35 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 244 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16700  transcriptional regulator  28.11 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 228 aa  70.5  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3897  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 213 aa  68.6  0.00000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 207 aa  67.8  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 246 aa  68.2  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  28.87 
 
 		 204 aa  67  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 256 aa  67  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3149  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 233 aa  67  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 193 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1827  regulatory protein, TetR  27.49 
 
 		 196 aa  67  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 193 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2348  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 222 aa  66.6  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0187157  normal  0.0306872 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2768  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 224 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.379756  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 204 aa  65.9  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 209 aa  65.5  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1145  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 224 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7113  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 240 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2147  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 193 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576982  hitchhiker  0.00198138 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2924  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 224 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288766  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0452  regulatory protein TetR  26.34 
 
 		 221 aa  65.5  0.0000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0293  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 226 aa  65.1  0.0000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2688  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 207 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357002  normal  0.760245 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2213  putative transcription regulator transcription regulator protein  28.12 
 
 		 236 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5076  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175697 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2269  putative transcriptional regulator  28.65 
 
 		 207 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.629172  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  26.8 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  24.04 
 
 		 189 aa  64.3  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0836  transcriptional regulator, TetR family  31.33 
 
 		 203 aa  64.3  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.177404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4691  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 205 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771858  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4777  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 205 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.681727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  22.99 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 217 aa  63.9  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6181  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 202 aa  63.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3566  regulatory protein TetR  23.81 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26760  putative transcriptional regulator  28.07 
 
 		 198 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3594  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  25.11 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0110  transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 		 225 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2411  transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 		 236 aa  63.2  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2194  TetR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 193 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.789913  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2017  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 236 aa  62.8  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  25.27 
 
 		 208 aa  62  0.000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>