More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4794 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4794  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 232 aa  478  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3897  TetR family transcriptional regulator  72.12 
 
 		 213 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1684  TetR family transcriptional regulator  70.43 
 
 		 228 aa  275  4e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.828148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1071  TetR family transcriptional regulator  66.83 
 
 		 240 aa  259  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2995  TetR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 211 aa  125  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.428403  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3149  TetR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 233 aa  125  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2213  putative transcription regulator transcription regulator protein  33.63 
 
 		 236 aa  123  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2411  transcriptional regulator, TetR family  34.98 
 
 		 236 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2017  transcriptional regulator, TetR family  34.25 
 
 		 236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7113  TetR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 240 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 189 aa  75.1  0.0000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2162  TetR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 209 aa  74.3  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0662359 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0295  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 220 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107513  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2310  TetR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 220 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  decreased coverage  0.00710043 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 201 aa  72.4  0.000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 217 aa  71.2  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 208 aa  68.6  0.00000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0231  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 200 aa  67  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2271  transcriptional regulator  29.14 
 
 		 209 aa  67.4  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2454  TetR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  31.44 
 
 		 213 aa  65.5  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1958  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 251 aa  65.1  0.0000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455038  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 238 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 211 aa  64.3  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  24.16 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  29.51 
 
 		 252 aa  63.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2869  TetR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4066  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10159  TetR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 246 aa  62.4  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 219 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 240 aa  62  0.000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0835  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 201 aa  62  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.861936  normal  0.897725 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 256 aa  61.2  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1604  AcrR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.388293  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 228 aa  60.5  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1887  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.943502 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2747  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 233 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.02505  normal  0.237475 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0719  TetR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 223 aa  59.7  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 200 aa  59.3  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2666  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0126  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  21.39 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 197 aa  58.5  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  22.96 
 
 		 208 aa  58.5  0.00000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1011  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 770 aa  58.2  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0108  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 219 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.244027  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3905  TetR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 211 aa  58.2  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0117  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 219 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0523426 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0098  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 219 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.31231  normal  0.349087 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  23.96 
 
 		 202 aa  58.2  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 		 201 aa  57  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 219 aa  57  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2423  transcriptional regulator, TetR family  25.63 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2176  TetR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000096918  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 229 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  22.86 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2242  TetR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.640782  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2406  TetR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3862  regulatory protein, TetR  28.42 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.07928  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  25.27 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0765  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26800  transcriptional regulator  43.06 
 
 		 184 aa  55.5  0.0000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.463482  normal  0.288316 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0913  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 195 aa  55.1  0.0000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.269174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2162  TetR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 207 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.116975  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 193 aa  54.7  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1380  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 214 aa  55.1  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000685689  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4600  TetR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 221 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0411306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0309  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.302465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4222  TetR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 221 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.42669  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0817  TetR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.577348  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4288  TetR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 221 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.458199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 190 aa  53.9  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  25.85 
 
 		 220 aa  53.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>