More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3368 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 229 aa  462  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  83.07 
 
 		 260 aa  331  6e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  57.89 
 
 		 227 aa  262  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 222 aa  259  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  57.78 
 
 		 226 aa  247  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  52.7 
 
 		 213 aa  221  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  55.45 
 
 		 210 aa  212  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 199 aa  160  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  45.18 
 
 		 198 aa  157  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0935  TetR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 199 aa  152  4e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  40.67 
 
 		 213 aa  141  7e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 205 aa  136  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 198 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  36.95 
 
 		 211 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3212  TetR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 211 aa  128  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  121  9e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 219 aa  120  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 201 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0324  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 201 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 201 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0226  TetR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 201 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312291  hitchhiker  0.00018932 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 211 aa  119  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3423  TetR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 201 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1978  TetR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 199 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03754  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 215 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.727658  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2579  TetR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 199 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0013  TetR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 199 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3781  TetR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 199 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3103  TetR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 199 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.454868  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3531  TetR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 199 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0006  TetR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 199 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0589242  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3842  TetR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 199 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391648  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 201 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3117  TetR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 199 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100627  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 201 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0992  putative transcriptional regulator of paa operon  38.14 
 
 		 208 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.332152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 210 aa  115  3.9999999999999997e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 192 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2863  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000603343 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4562  transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 		 207 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.602927 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3490  transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 		 207 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3375  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 206 aa  112  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0289  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 202 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3668  transcriptional regulator, TetR family  33.82 
 
 		 202 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0040426  hitchhiker  0.0000000599644 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  25.14 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  29.61 
 
 		 189 aa  71.2  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 208 aa  68.6  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 234 aa  67  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  27.57 
 
 		 211 aa  64.7  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2747  TetR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 233 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.02505  normal  0.237475 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 223 aa  64.3  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2162  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0662359 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0140  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 256 aa  62.8  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 200 aa  61.6  0.000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 260 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 238 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  26.36 
 
 		 252 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48190  putative transcriptional regulator  39.39 
 
 		 186 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0114913  normal  0.0538885 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 		 197 aa  60.5  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0402  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 196 aa  60.1  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.498778  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  30.17 
 
 		 229 aa  60.1  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2055  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20320  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 193 aa  59.3  0.00000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4115  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 		 194 aa  58.9  0.00000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.1417 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2216  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 189 aa  58.9  0.00000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.191802  normal  0.0189795 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  37.5 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  24.74 
 
 		 194 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0421  transcriptional regulator, TetR family  38.36 
 
 		 198 aa  58.2  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1011  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 770 aa  58.2  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 240 aa  57.8  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  27.61 
 
 		 211 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4122  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 207 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.389931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 221 aa  57.8  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0589  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 191 aa  57.4  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4165  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 232 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367589  normal  0.612517 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 245 aa  56.6  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  25.39 
 
 		 208 aa  57  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0153  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5293  TetR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 210 aa  57  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 211 aa  57  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 223 aa  57  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3692  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 244 aa  57  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.674174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2271  transcriptional regulator  27.66 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2515  TetR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.326335 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2922  transcriptional regulator, TetR family  25.97 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0085  TetR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.0016021  decreased coverage  0.0000722764 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 125 aa  55.5  0.0000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2434  TetR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 188 aa  55.5  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>