More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1419 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 220 aa  441  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2962  TetR family transcriptional regulator  49.71 
 
 		 201 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4024  TetR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 199 aa  145  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497962  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1493  transcriptional regulator, TetR family  41.14 
 
 		 198 aa  102  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127102 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1334  TetR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 201 aa  94.4  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.180708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1191  TetR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 198 aa  92.8  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2111  transcriptional regulator, TetR family  29.58 
 
 		 214 aa  92  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.780559 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5773  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 198 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6138  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 198 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.890581 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7672  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 198 aa  90.5  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.245363  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2513  transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 199 aa  87  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1333  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 201 aa  86.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0464  transcriptional regulator, TetR family  31.09 
 
 		 211 aa  85.1  8e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 214 aa  83.6  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  29.9 
 
 		 211 aa  82.4  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0018  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 221 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1372  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027491 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0428  transcriptional regulator, TetR family  30.9 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  30.63 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3312  transcriptional regulator UidR  37.5 
 
 		 198 aa  76.6  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1719  transcriptional regulator, TetR family  38.17 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1926  transcriptional regulator EefR  29.69 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0902915  hitchhiker  0.0000000455593 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1837  transcriptional regulator EefR  36.89 
 
 		 188 aa  72.8  0.000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000033131 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1426  transcriptional regulator, TetR family  30.84 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0803354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1150  TetR family transcriptional regulator  43.44 
 
 		 222 aa  68.6  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1826  transcriptional regulator UidR  32.84 
 
 		 196 aa  68.6  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01587  DNA-binding transcriptional repressor  32.84 
 
 		 196 aa  68.2  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1805  transcriptional regulator UidR  32.84 
 
 		 196 aa  68.6  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.947665  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01577  hypothetical protein  32.84 
 
 		 196 aa  68.2  0.00000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.98021  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1693  transcriptional regulator UidR  32.84 
 
 		 196 aa  68.2  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2012  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 196 aa  68.2  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.952906  normal  0.615913 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2330  transcriptional regulator UidR  32.84 
 
 		 195 aa  68.2  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2024  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.180766  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1581  transcriptional regulator UidR  32.84 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2853  TetR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 213 aa  67.8  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.788684  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 234 aa  67.4  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7736  putative transcriptional regulator, TetR family  38.98 
 
 		 205 aa  67.4  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.97147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1440  TetR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 213 aa  65.9  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0208928 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 213 aa  65.9  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4533  TetR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 218 aa  65.1  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.505005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1503  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0825242 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1135  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 206 aa  63.9  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  39.62 
 
 		 197 aa  63.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1365  transcriptional regulator  41.89 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.575727 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 229 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5076  TetR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 209 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5784  TetR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 209 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  44.07 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1965  TetR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0526053  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0700  TetR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 178 aa  62.4  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.665559 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1731  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 196 aa  62  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0465827  normal  0.0150851 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  32.17 
 
 		 226 aa  62  0.000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  26.67 
 
 		 215 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 260 aa  60.8  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6228  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 194 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.301912  normal  0.923303 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4394  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 198 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1473  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 187 aa  60.5  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2134  TetR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.269562  normal  0.11419 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00350  transcriptional regulator  33.61 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0995  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 192 aa  60.5  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1978  transcriptional regulator, TetR family  40.58 
 
 		 195 aa  60.8  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000952091  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0371  TetR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 227 aa  60.5  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 125 aa  60.1  0.00000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  28.86 
 
 		 198 aa  59.7  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0140  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 182 aa  60.1  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0369  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.238864 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 199 aa  59.3  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  36.62 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1499  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0951967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  28.32 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2856  TetR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.661308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2400  regulatory protein TetR  36.84 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.133792  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0252  transcriptional regulator, TetR family  34.51 
 
 		 194 aa  58.9  0.00000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2800  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.697977  decreased coverage  0.000162176 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  36.79 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1848  TetR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 210 aa  58.2  0.00000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  29.48 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 192 aa  58.2  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1398  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 195 aa  58.2  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3354  transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.216649  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0324  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  45.59 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4972  transcriptional regulator, TetR family  34.26 
 
 		 317 aa  57  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.377224 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>