More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0441 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 198 aa  407  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 198 aa  237  5.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 227 aa  175  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 222 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  47.98 
 
 		 210 aa  169  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  48.97 
 
 		 226 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 213 aa  161  7e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  45.79 
 
 		 229 aa  153  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 199 aa  146  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 260 aa  142  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0935  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  37.37 
 
 		 213 aa  124  8.000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3103  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 199 aa  118  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.454868  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2579  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 199 aa  117  7e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0013  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 199 aa  118  7e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3531  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 199 aa  117  7e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0006  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 199 aa  117  7e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0589242  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3117  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 199 aa  117  7e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100627  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1978  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 199 aa  117  7e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3781  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 199 aa  118  7e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3842  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 199 aa  118  7e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391648  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3212  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 211 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2863  TetR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 204 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000603343 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 201 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 201 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0324  TetR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 201 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3423  TetR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 201 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 201 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0226  TetR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 201 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312291  hitchhiker  0.00018932 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 201 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 219 aa  109  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3668  transcriptional regulator, TetR family  35.96 
 
 		 202 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0040426  hitchhiker  0.0000000599644 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 211 aa  108  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03754  transcription regulator protein  35.12 
 
 		 215 aa  108  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.727658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0289  TetR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 202 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3375  TetR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 206 aa  106  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 192 aa  100  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3490  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 207 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4562  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 207 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.602927 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  31.09 
 
 		 210 aa  97.8  9e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 205 aa  96.3  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0992  putative transcriptional regulator of paa operon  34.67 
 
 		 208 aa  93.6  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.332152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 212 aa  90.9  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 211 aa  83.2  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 211 aa  67  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  24.72 
 
 		 208 aa  65.5  0.0000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30540  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 195 aa  65.1  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 213 aa  64.7  0.0000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 195 aa  63.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  23.83 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  32.17 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1731  transcriptional regulator, TetR family  31.1 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0465827  normal  0.0150851 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  30.82 
 
 		 197 aa  62  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0255  transcriptional regulator, TetR family  49.18 
 
 		 243 aa  60.5  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.540416  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0432  transcriptional regulator, TetR family  49.18 
 
 		 214 aa  61.2  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0796504  hitchhiker  0.00000000967411 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 228 aa  59.3  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  29.37 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 257 aa  58.9  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6361  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 198 aa  58.5  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 238 aa  58.5  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 197 aa  58.5  0.00000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  30.18 
 
 		 287 aa  58.5  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0914  transcriptional regulatory protein  32.89 
 
 		 210 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.626019  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0445  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 209 aa  58.2  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  decreased coverage  0.00376288 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 221 aa  58.2  0.00000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3632  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3705  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3637  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.262942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  45.16 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2855  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 199 aa  57.4  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00414349  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1603  transcriptional regulator, TetR family  25.42 
 
 		 189 aa  57.4  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0115969  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2695  transcriptional regulator, TetR family  42.62 
 
 		 185 aa  57.4  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000333836  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  40.28 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  27.78 
 
 		 213 aa  57  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14700  transcriptional regulator, TetR family  42.47 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.73009e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 234 aa  57  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  28.75 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  19.59 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 		 190 aa  57  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  21.58 
 
 		 200 aa  57  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 226 aa  57  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0378  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.585496  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  33.33 
 
 		 220 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  39.78 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2162  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0662359 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1922  transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0140  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5471  TetR family transcriptional regulator  20.43 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>