More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0935 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0935  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 199 aa  409  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  69.85 
 
 		 199 aa  289  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  46.39 
 
 		 210 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 213 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  41.24 
 
 		 226 aa  158  5e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 222 aa  156  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  42.93 
 
 		 229 aa  150  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 227 aa  148  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 260 aa  144  8.000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 198 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 198 aa  136  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 213 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  34.17 
 
 		 211 aa  118  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 210 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 192 aa  112  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 219 aa  107  8.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3103  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 199 aa  104  7e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.454868  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2579  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 199 aa  104  9e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3531  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 199 aa  104  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0006  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 199 aa  104  9e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0589242  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3117  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 199 aa  104  9e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100627  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1978  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 199 aa  104  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0013  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 199 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3781  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 199 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3842  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 199 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391648  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 201 aa  103  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0226  TetR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 201 aa  103  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312291  hitchhiker  0.00018932 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3212  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3423  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 201 aa  103  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03754  transcription regulator protein  34.8 
 
 		 215 aa  102  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.727658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 201 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 201 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 201 aa  102  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0324  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 201 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0992  putative transcriptional regulator of paa operon  34.69 
 
 		 208 aa  101  7e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.332152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 205 aa  101  9e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 212 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 211 aa  99.4  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3375  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 206 aa  99  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4562  transcriptional regulator, TetR family  32.34 
 
 		 207 aa  98.2  6e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.602927 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3490  transcriptional regulator, TetR family  32.34 
 
 		 207 aa  98.2  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2863  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 204 aa  96.7  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000603343 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0289  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 202 aa  94.7  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3668  transcriptional regulator, TetR family  31.16 
 
 		 202 aa  94  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0040426  hitchhiker  0.0000000599644 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  25.97 
 
 		 208 aa  71.2  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 234 aa  67  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  23.28 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0835  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 201 aa  62  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.861936  normal  0.897725 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3049  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 214 aa  61.2  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 194 aa  59.7  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  23.91 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  24.76 
 
 		 260 aa  58.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2785  TetR family transcriptional regulator  23.41 
 
 		 196 aa  58.2  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256269 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0402  TetR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 196 aa  57  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.498778  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2216  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 189 aa  56.6  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.191802  normal  0.0189795 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  25.91 
 
 		 287 aa  57  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  27.84 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 193 aa  55.8  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 197 aa  55.5  0.0000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  26.21 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2055  TetR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 206 aa  54.7  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3248  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 223 aa  54.3  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1734  TetR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 207 aa  54.7  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0246488  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3311  putative transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 192 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0543  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 203 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.889127 
 
 
-
 
NC_002950  PG1240  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 202 aa  52.8  0.000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4859  transcriptional regulator, TetR family  26.44 
 
 		 186 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.205859 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 190 aa  53.1  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0424  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 201 aa  52.4  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.315635  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 231 aa  52.8  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 190 aa  52.8  0.000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  23.61 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 195 aa  52.8  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  36.49 
 
 		 205 aa  52  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7816  transcriptional regulator, TetR family  25.41 
 
 		 216 aa  52.4  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  22.77 
 
 		 252 aa  52  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4427  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 216 aa  51.6  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2540  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 220 aa  51.2  0.000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.34282 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  25.26 
 
 		 205 aa  51.2  0.000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3068  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 214 aa  50.8  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.493248  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17960  transcriptional regulator, TetR family  24.62 
 
 		 208 aa  51.2  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.134645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5697  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 220 aa  50.8  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5607  transcriptional regulator, TetR family  32.06 
 
 		 209 aa  51.2  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.897418  normal  0.557491 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0069  transcriptional regulator, TetR family  40.54 
 
 		 219 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  21.39 
 
 		 189 aa  50.4  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  27.69 
 
 		 224 aa  50.1  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0122  transcriptional regulator, TetR family  26.37 
 
 		 204 aa  50.1  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.288839  decreased coverage  0.00195597 
 
 
-
 
NC_003296  RS02063  putative transcription regulator transcription regulator protein  30.93 
 
 		 224 aa  49.7  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0495626  normal  0.936254 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  38.89 
 
 		 222 aa  49.7  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 219 aa  49.7  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  24 
 
 		 219 aa  49.3  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 206 aa  49.7  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1164  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 184 aa  49.3  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000872016  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2271  transcriptional regulator  24.74 
 
 		 209 aa  49.7  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 207 aa  49.3  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0928  transcriptional regulator, TetR family  44.64 
 
 		 184 aa  49.3  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.312785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6181  transcriptional regulator, TetR family  26.26 
 
 		 202 aa  49.3  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>