More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3490 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3490  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 207 aa  424  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4562  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 207 aa  424  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.602927 
 
 
-
 
NC_003296  RS03754  transcription regulator protein  92.65 
 
 		 215 aa  392  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.727658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3212  TetR family transcriptional regulator  59.31 
 
 		 211 aa  244  6e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0226  TetR family transcriptional regulator  59.9 
 
 		 201 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312291  hitchhiker  0.00018932 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  59.9 
 
 		 201 aa  242  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  59.41 
 
 		 201 aa  240  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1978  TetR family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 199 aa  240  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3781  TetR family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 199 aa  240  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0006  TetR family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 199 aa  240  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0589242  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2579  TetR family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 199 aa  240  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0013  TetR family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 199 aa  240  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3531  TetR family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 199 aa  240  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  59.41 
 
 		 201 aa  240  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3842  TetR family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 199 aa  240  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391648  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3117  TetR family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 199 aa  240  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100627  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  59.41 
 
 		 201 aa  240  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0324  TetR family transcriptional regulator  59.41 
 
 		 201 aa  240  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3103  TetR family transcriptional regulator  59.3 
 
 		 199 aa  239  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.454868  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3423  TetR family transcriptional regulator  58.91 
 
 		 201 aa  238  4e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3375  TetR family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 206 aa  236  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3668  transcriptional regulator, TetR family  57.14 
 
 		 202 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0040426  hitchhiker  0.0000000599644 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2863  TetR family transcriptional regulator  58.08 
 
 		 204 aa  232  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000603343 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0289  TetR family transcriptional regulator  57.79 
 
 		 202 aa  231  5e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  45.13 
 
 		 213 aa  155  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 219 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 212 aa  139  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 211 aa  138  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0992  putative transcriptional regulator of paa operon  42.31 
 
 		 208 aa  137  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.332152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  40.11 
 
 		 211 aa  137  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 205 aa  131  6.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  35.27 
 
 		 210 aa  122  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 192 aa  116  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 213 aa  111  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  31.44 
 
 		 229 aa  109  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 227 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 199 aa  105  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 260 aa  104  9e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 198 aa  100  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0935  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 199 aa  98.2  7e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 198 aa  96.7  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  22.46 
 
 		 207 aa  79.3  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 201 aa  70.9  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  23.56 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  22.05 
 
 		 214 aa  68.6  0.00000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  24.73 
 
 		 189 aa  65.9  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  21.76 
 
 		 208 aa  64.7  0.0000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 208 aa  64.7  0.0000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 188 aa  64.7  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3260  putative transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 		 309 aa  64.7  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.235559  hitchhiker  0.000147183 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0231  transcriptional regulator, TetR family  29.02 
 
 		 200 aa  64.7  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 197 aa  63.9  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3049  transcriptional regulator, TetR family  32.62 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 256 aa  62.8  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0719  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  25.6 
 
 		 212 aa  61.2  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4820  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 203 aa  61.2  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.353068 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0098  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.31231  normal  0.349087 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  22.96 
 
 		 252 aa  58.9  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0108  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.244027  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0117  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0523426 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 229 aa  58.5  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3248  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 260 aa  58.2  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2216  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 189 aa  57.8  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.191802  normal  0.0189795 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 200 aa  57.8  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  23.96 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4824  TetR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 228 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 238 aa  57  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3333  transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  28.99 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0126  TetR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2094  transcriptional regulator, TetR family  36.62 
 
 		 186 aa  55.1  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000324065 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 240 aa  55.1  0.0000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 246 aa  54.7  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 216 aa  54.7  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 231 aa  54.3  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2747  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 233 aa  54.7  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.02505  normal  0.237475 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3572  transcriptional regulator, TetR family  41.1 
 
 		 221 aa  54.7  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 209 aa  54.7  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0913  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.269174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 217 aa  53.9  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  26.02 
 
 		 224 aa  53.5  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0293  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 226 aa  53.5  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0421  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 198 aa  53.1  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0033  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 221 aa  52.8  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.228128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0140  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 182 aa  52.8  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>