More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3823 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 198 aa  406  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 198 aa  237  5.999999999999999e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  45.88 
 
 		 210 aa  170  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 213 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 222 aa  150  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  43.3 
 
 		 226 aa  144  9e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 199 aa  142  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0935  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 199 aa  136  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 260 aa  130  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  39.27 
 
 		 229 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 213 aa  119  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3212  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 211 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2863  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 204 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000603343 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0006  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0589242  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3668  transcriptional regulator, TetR family  33.17 
 
 		 202 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0040426  hitchhiker  0.0000000599644 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3842  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391648  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2579  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0013  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3103  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.454868  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3531  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 201 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1978  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3117  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100627  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0324  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 201 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 201 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3781  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 211 aa  106  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3423  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 201 aa  106  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 201 aa  106  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 201 aa  106  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 219 aa  105  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0226  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 201 aa  105  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312291  hitchhiker  0.00018932 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0289  TetR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 202 aa  105  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03754  transcription regulator protein  33.17 
 
 		 215 aa  102  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.727658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 212 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3375  TetR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 206 aa  99.4  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  31.72 
 
 		 210 aa  99.4  3e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3490  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 207 aa  96.7  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4562  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 207 aa  96.7  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.602927 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0992  putative transcriptional regulator of paa operon  33.15 
 
 		 208 aa  94.4  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.332152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 205 aa  92  5e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 192 aa  90.5  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 211 aa  89.4  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  24 
 
 		 219 aa  67  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 		 242 aa  63.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6181  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 202 aa  63.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 219 aa  63.2  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  29.31 
 
 		 202 aa  62.8  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 246 aa  61.6  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 201 aa  61.6  0.000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  26.83 
 
 		 211 aa  61.2  0.000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 197 aa  61.2  0.000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3836  transcriptional regulator, TetR family  27.82 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3260  putative transcriptional regulator, TetR family  28.14 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.235559  hitchhiker  0.000147183 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  24.43 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  28.32 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  27.93 
 
 		 194 aa  59.7  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3896  transcriptional regulator, TetR family  41.94 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 238 aa  58.5  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2134  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175968 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 209 aa  58.2  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 234 aa  57  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3273  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.346529  normal  0.756983 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  34.41 
 
 		 215 aa  57  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1365  transcriptional regulator  27.97 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.575727 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 229 aa  56.6  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1965  TetR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0526053  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 256 aa  56.2  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2695  transcriptional regulator, TetR family  42.42 
 
 		 185 aa  56.2  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000333836  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3421  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0445  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  decreased coverage  0.00376288 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6216  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7113  TetR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 240 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2179  transcriptional regulator, TetR family  33.71 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2855  transcriptional regulator, TetR family  30.84 
 
 		 199 aa  55.1  0.0000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00414349  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  38.89 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4824  TetR family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 228 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0231  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2747  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 233 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.02505  normal  0.237475 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2219  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.23135  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2785  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256269 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3620  TetR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 203 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3698  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 202 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4427  TetR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 216 aa  54.7  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2767  TetR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 214 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0855812  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0153  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0378  TetR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 199 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.585496  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 		 211 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 194 aa  53.9  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2506  transcriptional regulator, TetR family  40.32 
 
 		 205 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.733789  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>