More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4802 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 199 aa  407  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0935  TetR family transcriptional regulator  69.85 
 
 		 199 aa  289  2e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  50.52 
 
 		 210 aa  194  5.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 213 aa  185  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 222 aa  162  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  43.08 
 
 		 226 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 227 aa  160  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  43.98 
 
 		 229 aa  158  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 260 aa  152  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 198 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 198 aa  142  3e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  38.97 
 
 		 213 aa  136  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  34.67 
 
 		 211 aa  132  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 219 aa  125  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 192 aa  121  6e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0226  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 201 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312291  hitchhiker  0.00018932 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 201 aa  119  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3212  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 211 aa  117  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 201 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 205 aa  117  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 201 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 201 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0324  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 201 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3423  TetR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 201 aa  116  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3103  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 199 aa  115  6e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.454868  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0013  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 199 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3842  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 199 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391648  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3781  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 199 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2579  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 199 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3531  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 199 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0006  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 199 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0589242  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3117  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 199 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100627  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1978  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 199 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0992  putative transcriptional regulator of paa operon  36.22 
 
 		 208 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.332152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 212 aa  112  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2863  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 204 aa  112  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000603343 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 211 aa  111  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0289  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 202 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3668  transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 		 202 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0040426  hitchhiker  0.0000000599644 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3375  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 206 aa  108  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4562  transcriptional regulator, TetR family  33.83 
 
 		 207 aa  105  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.602927 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3490  transcriptional regulator, TetR family  33.83 
 
 		 207 aa  105  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  31.96 
 
 		 210 aa  106  3e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03754  transcription regulator protein  34.8 
 
 		 215 aa  105  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.727658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 208 aa  87  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 200 aa  72.4  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 194 aa  71.2  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2055  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0402  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 196 aa  68.9  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.498778  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  25.54 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 287 aa  67.8  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 234 aa  66.2  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5607  transcriptional regulator, TetR family  41.3 
 
 		 209 aa  64.7  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.897418  normal  0.557491 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0424  transcriptional regulator, TetR family  32.06 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.315635  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  27.55 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0413  TetR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 227 aa  62.8  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 197 aa  63.2  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  23.91 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0835  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 201 aa  62  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.861936  normal  0.897725 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1601  transcriptional regulator, TetR family  28.08 
 
 		 202 aa  61.2  0.000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0117  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.678219 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 244 aa  60.1  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0913  TetR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 195 aa  59.7  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.269174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  26.77 
 
 		 260 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0110  transcriptional regulator, TetR family  26.13 
 
 		 225 aa  58.5  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0293  TetR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 226 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 193 aa  58.2  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3995  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 243 aa  58.2  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  27.66 
 
 		 208 aa  57.8  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  25.4 
 
 		 202 aa  57.8  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2924  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288766  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3512  regulatory protein TetR  40.74 
 
 		 237 aa  57.8  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1145  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 219 aa  57.8  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  25.13 
 
 		 252 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2768  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.379756  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  25.67 
 
 		 188 aa  57  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  43.18 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  41.94 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2194  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.789913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2147  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 193 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576982  hitchhiker  0.00198138 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2540  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.34282 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  27.37 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  40.28 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 193 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1240  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17960  transcriptional regulator, TetR family  25.97 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.134645  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  36.46 
 
 		 207 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 193 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 246 aa  54.7  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 241 aa  54.7  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0231  transcriptional regulator, TetR family  27.51 
 
 		 200 aa  54.7  0.0000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 203 aa  53.9  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 190 aa  54.3  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2483  transcriptional regulator, TetR family  31.63 
 
 		 217 aa  54.3  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000117416  hitchhiker  0.00899265 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 214 aa  54.7  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>