More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3642 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  92.65 
 
 		 222 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  80.97 
 
 		 226 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  65.97 
 
 		 260 aa  261  6.999999999999999e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  64.21 
 
 		 229 aa  254  6e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  58.03 
 
 		 210 aa  218  7e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 213 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 198 aa  175  6e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 199 aa  160  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0935  TetR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 199 aa  148  6e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 198 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 211 aa  132  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  36.79 
 
 		 213 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 205 aa  125  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3212  TetR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 211 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 211 aa  120  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 212 aa  120  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 192 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 219 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 201 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2579  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3842  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391648  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1978  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0013  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3103  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.454868  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3781  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 201 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3117  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100627  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0324  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 201 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3531  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0006  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0589242  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3375  TetR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 206 aa  113  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3423  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 201 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0226  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  111  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312291  hitchhiker  0.00018932 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  34.95 
 
 		 210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0992  putative transcriptional regulator of paa operon  37.63 
 
 		 208 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.332152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2863  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 204 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000603343 
 
 
-
 
NC_003296  RS03754  transcription regulator protein  32.32 
 
 		 215 aa  108  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.727658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0289  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 202 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3668  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 202 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0040426  hitchhiker  0.0000000599644 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3490  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 207 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4562  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 207 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.602927 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 200 aa  77.8  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  26.4 
 
 		 208 aa  75.1  0.0000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  24.04 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  43.68 
 
 		 213 aa  72  0.000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20320  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 		 203 aa  71.6  0.000000000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 207 aa  68.6  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  26.2 
 
 		 229 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 219 aa  67.4  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  25.82 
 
 		 189 aa  67  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  26.9 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 244 aa  66.2  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  26.06 
 
 		 260 aa  66.2  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  27.89 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 216 aa  65.5  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 234 aa  65.9  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 200 aa  65.1  0.0000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0445  transcriptional regulator, TetR family  26.86 
 
 		 209 aa  65.1  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  decreased coverage  0.00376288 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 246 aa  64.7  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  41.57 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  24.38 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  24.55 
 
 		 208 aa  63.5  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1261  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.100849  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2695  transcriptional regulator, TetR family  31.78 
 
 		 226 aa  61.6  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2602  transcriptional regulator, TetR family  31.78 
 
 		 214 aa  62  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157273  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  40.79 
 
 		 200 aa  61.6  0.000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  21.72 
 
 		 256 aa  61.2  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 245 aa  61.6  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0913  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 195 aa  60.8  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.269174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3052  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 183 aa  59.7  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.186092 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4066  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 231 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  33.71 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  28.67 
 
 		 221 aa  59.7  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3049  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 125 aa  59.3  0.00000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  25.29 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0281012 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30540  transcriptional regulator, TetR family  30.83 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2922  transcriptional regulator, TetR family  26.78 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0626  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 215 aa  58.2  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  38.96 
 
 		 203 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  27.27 
 
 		 211 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0765  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 228 aa  58.2  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1590  transcriptional regulator, TetR family  38.14 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.299217  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0140  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 182 aa  57.8  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4104  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 438 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2506  transcriptional regulator, TetR family  29.93 
 
 		 205 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.733789  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>