More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3905 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



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Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3905  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 211 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4876  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 208 aa  116  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0224524  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0634  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 220 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000435144  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0594  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0201579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4569  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000245113  hitchhiker  0.00602594 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3620  TetR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 203 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3699  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 220 aa  108  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0639  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 220 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.307578  hitchhiker  0.000146714 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0683  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 216 aa  107  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2767  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 214 aa  106  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0855812  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4295  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 203 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1600  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 201 aa  104  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0652187  normal  0.362821 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44980  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 216 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1574  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 203 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00597987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3827  putative transcriptional regulator  29.17 
 
 		 216 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1965  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 210 aa  103  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.885807  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3860  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 203 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.526451  normal  0.667209 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0771  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 218 aa  102  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.353788  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3698  transcriptional regulator, TetR family  30.21 
 
 		 202 aa  102  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3875  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 217 aa  102  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.417982  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1777  regulatory protein, TetR  29.69 
 
 		 202 aa  101  7e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.26768  normal  0.308935 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 211 aa  101  9e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4569  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 221 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000147437  normal  0.0336832 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 203 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 203 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0675  regulatory protein, TetR  26.77 
 
 		 220 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3988  regulatory protein, TetR  26.8 
 
 		 233 aa  99  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.100564  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1665  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 221 aa  95.9  3e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.271808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1914  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 221 aa  95.5  5e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000166268  normal  0.222991 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1799  TetR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 206 aa  94  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  0.822653 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3641  TetR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 206 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0507549  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4749  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 227 aa  93.2  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.515185  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1121  TetR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 203 aa  93.2  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 213 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1492  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 239 aa  92.4  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0796  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 239 aa  92.4  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2113  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 239 aa  92.4  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.473372  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1833  TetR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 206 aa  92  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  26.24 
 
 		 213 aa  92  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0799  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 225 aa  91.7  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.126774  normal  0.374704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3562  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 216 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  26.24 
 
 		 213 aa  91.7  8e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2692  transcriptional regulator, TetR family  26.02 
 
 		 249 aa  91.3  9e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1810  TetR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 239 aa  90.9  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1426  TetR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 260 aa  90.9  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0381  TetR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 239 aa  90.9  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2365  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 213 aa  91.3  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227272  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0479  TetR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.676411  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2128  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 251 aa  90.5  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02090  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 221 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_004310  BR0280  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 227 aa  89.7  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.980178  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0294  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 227 aa  89.7  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136884  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6034  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 223 aa  89.4  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1790  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 251 aa  89  5e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3035  transcriptional regulator, TetR family  26.35 
 
 		 225 aa  89  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.489456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0349  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 232 aa  88.6  6e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3426  putative transcriptional regulator  22.61 
 
 		 216 aa  88.6  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1423  TetR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 209 aa  88.6  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.6699 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0039  transcriptional regulator, TetR family  26.22 
 
 		 228 aa  88.2  9e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1537  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 234 aa  87.4  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0247  putative transcriptional regulator  27 
 
 		 221 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3290  transcriptional regulator, TetR family  26.35 
 
 		 225 aa  87.8  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.413178  normal  0.0802991 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05660  putative transcriptional regulator  34.68 
 
 		 206 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5139  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 223 aa  87  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2710  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 203 aa  87  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.466457  normal  0.498996 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0537  putative transcriptional regulator  34.68 
 
 		 206 aa  87  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4037  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 219 aa  87  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.737605  normal  0.766436 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1598  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 230 aa  86.3  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.535122  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6233  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 230 aa  86.3  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.275362  normal  0.0744328 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1365  transcriptional regulator  28.32 
 
 		 211 aa  85.9  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.575727 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40380  TetR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 216 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3453  transcriptional regulator TetR family  25.75 
 
 		 213 aa  84.7  9e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6709  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 230 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.408759  normal  0.497229 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4062  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 218 aa  84.7  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6653  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  0.0271875 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4153  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 234 aa  82.4  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1499  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 203 aa  82.4  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0951967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3179  TetR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 228 aa  82  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5724  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 231 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
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CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
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NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  25 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010087  Bmul_5348  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 230 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.130352 
 
 
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NC_008228  Patl_2423  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 214 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008392  Bamb_5968  TetR family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.609129 
 
 
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NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  25 
 
 		 212 aa  79.3  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 212 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  25 
 
 		 212 aa  79.3  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_3444  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 206 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.134739 
 
 
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NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  25 
 
 		 212 aa  78.2  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  25 
 
 		 212 aa  78.2  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_3493  TetR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50615  normal  1 
 
 
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NC_004578  PSPTO_1158  transcriptional regulator, TetR family  24.74 
 
 		 218 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.91676  n/a   
 
 
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NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  24.84 
 
 		 224 aa  76.6  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009428  Rsph17025_1460  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011138  MADE_02513  transcriptional regulator, TetR family protein  26.06 
 
 		 214 aa  76.3  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009832  Spro_1824  TetR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 224 aa  75.9  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87921  normal  0.175095 
 
 
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NC_007005  Psyr_1000  regulatory protein, TetR  24.74 
 
 		 242 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.6882 
 
 
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