More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0612 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0612  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 204 aa  411  1e-114  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3704  regulatory protein TetR  33.99 
 
 		 202 aa  111  7.000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.974133 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3705  regulatory protein TetR  33.5 
 
 		 201 aa  95.1  7e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0940  transcriptional regulator  29.06 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00130273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 208 aa  60.8  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0815  transcriptional regulator, TetR family  25.51 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  30.88 
 
 		 197 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  30.07 
 
 		 202 aa  58.5  0.00000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 200 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  27.15 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  27.15 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 199 aa  57  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  27.4 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  27.08 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 204 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  27.12 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 203 aa  53.9  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 204 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 209 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 211 aa  52.8  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 211 aa  52.8  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 204 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  25.49 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 202 aa  52.8  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  26.35 
 
 		 202 aa  52.8  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  26.54 
 
 		 202 aa  52  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 211 aa  51.6  0.000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  24.84 
 
 		 211 aa  51.6  0.000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 205 aa  51.6  0.000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2105  transcriptional regulator, TetR family  21.74 
 
 		 202 aa  51.6  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.143952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 205 aa  51.2  0.000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03122  DNA-binding transcriptional regulator  28.44 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0442  transcriptional regulator, TetR family  28.44 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.671353  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3457  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  28.44 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315342  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  28.44 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3749  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  28.44 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000431628  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3559  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  28.44 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00735263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  28.44 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00305215  normal  0.159786 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  24.18 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 211 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03073  hypothetical protein  28.44 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.807649  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  28.44 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0675  regulatory protein, TetR  29.41 
 
 		 220 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0670  transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 227 aa  50.4  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.591564 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 203 aa  50.1  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0421  transcriptional regulator, TetR family  24.53 
 
 		 198 aa  50.1  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 203 aa  50.1  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0179  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 193 aa  50.1  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0807108  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0265  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 194 aa  50.1  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  27.74 
 
 		 193 aa  50.1  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3569  transcriptional regulator, TetR family  23.27 
 
 		 226 aa  50.4  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.467129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 216 aa  49.7  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  27.01 
 
 		 221 aa  49.7  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 206 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3641  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 206 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0507549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0949  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 286 aa  49.7  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 291 aa  50.1  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 200 aa  49.7  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 201 aa  49.7  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6011  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 203 aa  49.3  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3699  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 220 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  25.14 
 
 		 196 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 231 aa  49.3  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 203 aa  49.3  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3664  regulatory protein, TetR  45.83 
 
 		 182 aa  49.3  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1799  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 206 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  0.822653 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 220 aa  49.3  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0771  transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 		 218 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.353788  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 238 aa  48.9  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0683  TetR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 216 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 205 aa  48.9  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0450  transcriptional regulator, TetR family  25.48 
 
 		 349 aa  48.9  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0035112 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 205 aa  48.9  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0639  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 220 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.307578  hitchhiker  0.000146714 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  29.14 
 
 		 204 aa  48.9  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 196 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 211 aa  48.5  0.00007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  22.63 
 
 		 233 aa  48.5  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 210 aa  48.5  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0994  transcriptional regulator, TetR family  37.29 
 
 		 184 aa  48.1  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.885114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 192 aa  48.1  0.00008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  26.86 
 
 		 193 aa  48.1  0.00009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 192 aa  48.1  0.00009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1467  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 217 aa  48.1  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 230 aa  47.4  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0594  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 247 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0201579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3988  regulatory protein, TetR  28.48 
 
 		 233 aa  47.8  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.100564  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0301  transcriptional regulator, TetR family  24.83 
 
 		 199 aa  48.1  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0864199  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2237  TetR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 228 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>