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for query gene Cpin_3301 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 193 aa  400  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  50.78 
 
 		 193 aa  204  8e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  37.37 
 
 		 192 aa  143  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  40.51 
 
 		 193 aa  134  6.0000000000000005e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  35.42 
 
 		 219 aa  130  7.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 193 aa  128  4.0000000000000003e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 193 aa  125  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 193 aa  125  3e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 192 aa  125  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
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NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 215 aa  125  5e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 193 aa  123  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 		 193 aa  122  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 194 aa  122  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2692  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 193 aa  122  3e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.504761 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 193 aa  122  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  36.17 
 
 		 198 aa  118  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 192 aa  117  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 193 aa  116  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  33.51 
 
 		 195 aa  115  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  36.91 
 
 		 156 aa  114  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 222 aa  111  7.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 200 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 196 aa  109  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  29.02 
 
 		 197 aa  108  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 191 aa  107  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 191 aa  107  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  35.44 
 
 		 191 aa  107  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 198 aa  105  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 194 aa  105  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 193 aa  105  5e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 190 aa  105  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 198 aa  104  8e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3345  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 191 aa  104  8e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 193 aa  104  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 218 aa  103  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 193 aa  103  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 205 aa  102  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2762  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 203 aa  102  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4262  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 226 aa  101  8e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 195 aa  100  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1032  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 208 aa  99.4  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3573  transcriptional regulator, TetR family  33.93 
 
 		 195 aa  99  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0355911  normal  0.084172 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1179  transcriptional regulator, TetR family  31.16 
 
 		 198 aa  99  4e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.288888  normal  0.322158 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2694  TetR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 203 aa  98.6  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357406 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 207 aa  98.6  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 196 aa  98.6  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 196 aa  98.6  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  27.98 
 
 		 203 aa  98.6  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3433  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 193 aa  98.2  7e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.389542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1089  TetR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 190 aa  97.1  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 211 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  29.69 
 
 		 211 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 211 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 211 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1578  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 203 aa  96.3  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  29.69 
 
 		 211 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0481  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 211 aa  95.1  5e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2864  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 203 aa  95.1  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037684 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0530  hypothetical protein  32.76 
 
 		 198 aa  94.4  9e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2729  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 196 aa  93.2  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621665 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000004  transcriptional regulator  34.08 
 
 		 191 aa  93.2  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 211 aa  93.2  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 196 aa  92.8  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1228  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 193 aa  92.8  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 206 aa  92.4  3e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3554  transcriptional regulator, TetR family  29.02 
 
 		 217 aa  92.8  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3535  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 191 aa  92.4  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 193 aa  92  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4047  TetR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 205 aa  92  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.866362  normal  0.450827 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0143  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 202 aa  91.7  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2631  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 197 aa  91.3  8e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0870793 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4611  transcriptional regulator, TetR family  28.74 
 
 		 371 aa  90.9  9e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3643  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 193 aa  90.5  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256948 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  27.84 
 
 		 210 aa  90.9  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6698  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 193 aa  90.1  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1157  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 193 aa  90.1  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1418  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 196 aa  90.5  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1395  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 196 aa  89.4  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05594  transcriptional regulator  34.08 
 
 		 191 aa  89.4  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2408  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 192 aa  89.4  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 213 aa  89  4e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2964  transcriptional regulator, TetR family  30.68 
 
 		 195 aa  89  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0240167  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 213 aa  89  4e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 213 aa  88.6  5e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 204 aa  88.2  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3062  transcriptional regulator, TetR family  29.57 
 
 		 193 aa  88.2  6e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000497782 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1292  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 193 aa  88.2  7e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 204 aa  88.2  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1326  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 193 aa  87.8  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115046 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3393  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 193 aa  87.4  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 193 aa  87.4  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5058  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 195 aa  87.4  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 204 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
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NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 217 aa  86.3  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
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NC_003910  CPS_1396  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 193 aa  86.3  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1478  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 188 aa  86.3  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.182244  normal  1 
 
 
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NC_008255  CHU_0252  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 194 aa  85.9  3e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.867584  normal  1 
 
 
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NC_008577  Shewana3_1158  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 193 aa  85.9  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 214 aa  85.9  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009952  Dshi_1874  putative regulatory protein  29.5 
 
 		 198 aa  85.5  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885441  normal  0.710734 
 
 
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