More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3772 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 201 aa  416  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  70.79 
 
 		 202 aa  306  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  70.3 
 
 		 202 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 204 aa  156  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 203 aa  152  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  42.39 
 
 		 205 aa  149  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 204 aa  147  9e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 205 aa  145  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  39.23 
 
 		 196 aa  142  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 204 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 211 aa  138  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  37.37 
 
 		 200 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 201 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 203 aa  133  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 204 aa  131  7.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  37.43 
 
 		 208 aa  121  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  38.5 
 
 		 207 aa  121  9e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  38.5 
 
 		 207 aa  121  9e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  34.52 
 
 		 201 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 208 aa  93.6  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 209 aa  91.7  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  34.52 
 
 		 202 aa  89.7  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 204 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 195 aa  84.3  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  33.09 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 204 aa  81.6  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  33.09 
 
 		 204 aa  81.6  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 206 aa  81.3  0.000000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  32.52 
 
 		 222 aa  80.5  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 204 aa  80.9  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  32.62 
 
 		 205 aa  78.2  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 200 aa  76.3  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 205 aa  75.9  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 		 204 aa  75.5  0.0000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 		 204 aa  73.9  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 		 200 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 205 aa  72  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 195 aa  71.6  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 224 aa  71.6  0.000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 205 aa  71.6  0.000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 205 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 207 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  30.25 
 
 		 196 aa  69.3  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 205 aa  69.7  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  30.28 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 213 aa  68.6  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  28.77 
 
 		 204 aa  68.6  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  28.78 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  28.07 
 
 		 197 aa  68.2  0.00000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  28.78 
 
 		 205 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  45.24 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 193 aa  62.4  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2324  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 195 aa  60.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4066  transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  51.72 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 199 aa  55.5  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  24.62 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 194 aa  54.3  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  46.03 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0428  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0464  transcriptional regulator, TetR family  42.25 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  47.37 
 
 		 222 aa  53.1  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1984  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 196 aa  52.8  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3546  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 206 aa  52.8  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.726096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 223 aa  53.1  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 211 aa  52.8  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0743  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 230 aa  52.4  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.803231 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 		 211 aa  52.8  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 210 aa  52.4  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1372  TetR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027491 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0700  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 178 aa  52.4  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.665559 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 211 aa  52  0.000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 211 aa  52  0.000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  31.29 
 
 		 212 aa  51.6  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 211 aa  51.6  0.000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4006  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 237 aa  51.6  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 209 aa  51.6  0.000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 211 aa  51.6  0.000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 202 aa  51.2  0.000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
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NC_014165  Tbis_3212  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 223 aa  51.2  0.000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.59703  normal  1 
 
 
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NC_010322  PputGB1_3641  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0507549  normal  1 
 
 
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NC_007347  Reut_A2995  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.428403  n/a   
 
 
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NC_013440  Hoch_6487  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 195 aa  51.2  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007492  Pfl01_3444  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 206 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.134739 
 
 
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NC_009512  Pput_1799  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  0.822653 
 
 
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NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  27.63 
 
 		 211 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
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NC_009620  Smed_3750  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 230 aa  50.8  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010501  PputW619_1833  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 206 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
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NC_009921  Franean1_5867  TetR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 193 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0832592  normal  0.676846 
 
 
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