More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2679 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 204 aa  424  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  86.27 
 
 		 204 aa  352  2e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  75.98 
 
 		 204 aa  334  7e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  78.12 
 
 		 204 aa  323  7e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  78.49 
 
 		 204 aa  322  2e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  65.66 
 
 		 204 aa  278  5e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  63.73 
 
 		 204 aa  278  5e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  65.37 
 
 		 205 aa  276  2e-73  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  65.37 
 
 		 205 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  65.37 
 
 		 205 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  65.37 
 
 		 205 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  63.41 
 
 		 205 aa  262  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  63.41 
 
 		 205 aa  262  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  60.91 
 
 		 205 aa  248  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  64.36 
 
 		 204 aa  248  4e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  58.71 
 
 		 206 aa  248  6e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  65.45 
 
 		 205 aa  247  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  64.48 
 
 		 205 aa  242  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  63.87 
 
 		 205 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  62.57 
 
 		 207 aa  239  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  62.83 
 
 		 205 aa  237  6.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  60.11 
 
 		 205 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  57.64 
 
 		 205 aa  233  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 205 aa  204  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  49.01 
 
 		 202 aa  199  3e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 204 aa  189  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 211 aa  91.3  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 		 202 aa  88.6  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 		 202 aa  88.6  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 196 aa  87.8  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 204 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 201 aa  87  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 200 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 204 aa  85.1  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 203 aa  84.3  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  32.48 
 
 		 208 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  32.67 
 
 		 207 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  32.67 
 
 		 207 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  31.47 
 
 		 204 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 203 aa  81.6  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 201 aa  80.9  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 205 aa  75.1  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 201 aa  73.9  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 196 aa  60.1  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 		 243 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  28.49 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 208 aa  58.2  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 191 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1164  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000872016  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  27.34 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  32.58 
 
 		 229 aa  55.5  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1416  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 197 aa  54.7  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.305494  hitchhiker  0.0000141576 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 219 aa  54.3  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  28.74 
 
 		 197 aa  54.3  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1440  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0208928 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1944  AcrR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 195 aa  54.3  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 199 aa  53.9  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  35.16 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  27.97 
 
 		 193 aa  53.5  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  29.5 
 
 		 218 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0081  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 202 aa  53.9  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 209 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 205 aa  53.1  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 202 aa  52.8  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 200 aa  52.8  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2161  transcriptional regulator, TetR family  40.62 
 
 		 204 aa  52  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 205 aa  52  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0226  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 201 aa  52  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312291  hitchhiker  0.00018932 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 201 aa  52  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 201 aa  52  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 200 aa  52  0.000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 201 aa  52  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0994  transcriptional regulator, TetR family  32.56 
 
 		 184 aa  52  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.885114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0324  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 201 aa  52  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 201 aa  52  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 216 aa  51.6  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2468  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 198 aa  51.6  0.000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2863  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 204 aa  51.6  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000603343 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 206 aa  51.2  0.000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 195 aa  50.8  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0092  transcriptional regulator, TetR family  27.65 
 
 		 210 aa  50.8  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.367108  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1503  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 215 aa  50.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0825242 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 260 aa  50.8  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  27.61 
 
 		 242 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2965  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 224 aa  50.4  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0278757  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  27.61 
 
 		 205 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  25.68 
 
 		 210 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3423  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 201 aa  50.4  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 193 aa  50.1  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0855  transcriptional regulator, TetR family  24.21 
 
 		 223 aa  50.1  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 206 aa  50.8  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2779  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5264  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 470 aa  50.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.641699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2689  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 186 aa  50.4  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2746  regulatory protein TetR  31.91 
 
 		 186 aa  50.4  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>