More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3603 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 205 aa  415  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  44.85 
 
 		 243 aa  154  7e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  44.85 
 
 		 243 aa  154  9e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  44.85 
 
 		 243 aa  154  9e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 191 aa  151  8e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  46.43 
 
 		 242 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 242 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 195 aa  95.5  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 210 aa  92  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 		 200 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 201 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 203 aa  88.6  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 195 aa  83.6  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 204 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  30.86 
 
 		 208 aa  79.3  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  30.3 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  30.49 
 
 		 196 aa  79  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 		 193 aa  78.6  0.00000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 204 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  28.98 
 
 		 196 aa  77.8  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 204 aa  73.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 205 aa  72  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 205 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 194 aa  70.1  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 201 aa  68.9  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 211 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 204 aa  64.7  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 205 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 205 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 205 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 191 aa  63.5  0.000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  26.44 
 
 		 202 aa  62.8  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  31.85 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 195 aa  60.8  0.00000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2525  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 205 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2324  transcriptional regulator, TetR family  25.79 
 
 		 195 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  27.61 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  29.41 
 
 		 195 aa  60.5  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  31.85 
 
 		 204 aa  58.5  0.00000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  27.81 
 
 		 222 aa  58.2  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 202 aa  57.8  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4689  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 243 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  28.99 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1961  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 213 aa  57  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.310052  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3393  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158575  normal  0.446109 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  28.26 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 205 aa  55.8  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0045  transcriptional regulator  28.45 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0375278  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1845  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 237 aa  55.5  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  38.68 
 
 		 222 aa  54.7  0.0000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46290  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0128988  normal  0.0344421 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  23.88 
 
 		 200 aa  54.3  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4191  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 236 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.513173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 204 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  25.37 
 
 		 205 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  23.88 
 
 		 200 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 204 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  28.66 
 
 		 204 aa  53.1  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 209 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3882  transcriptional regulator, TetR family  27.94 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0679  TetR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 207 aa  52.8  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0890735  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 190 aa  52.4  0.000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  25 
 
 		 197 aa  52  0.000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1926  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 224 aa  52  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.857726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 198 aa  51.6  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4856  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 219 aa  51.2  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 190 aa  51.2  0.000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0359  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 193 aa  50.8  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.717722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  37.37 
 
 		 219 aa  51.2  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4876  transcriptional regulator, TetR family  40.22 
 
 		 209 aa  51.2  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3182  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 216 aa  50.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.86361 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0914  transcriptional regulatory protein  28.33 
 
 		 210 aa  50.4  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.626019  n/a   
 
 
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NC_010622  Bphy_1844  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 242 aa  50.1  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000808903 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 204 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 324 aa  50.4  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
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NC_009656  PSPA7_3937  transcriptional regulatory protein  30.17 
 
 		 210 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009719  Plav_0498  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 208 aa  50.1  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0525706  normal  1 
 
 
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NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  48.89 
 
 		 223 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
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NC_013510  Tcur_3352  transcriptional regulator, TetR family  26.51 
 
 		 183 aa  49.7  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0512596  n/a   
 
 
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NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  23.31 
 
 		 207 aa  49.7  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 213 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
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NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 213 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
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NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 203 aa  49.3  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 203 aa  49.3  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
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NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 219 aa  49.3  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
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NC_010622  Bphy_0543  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 203 aa  48.9  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.889127 
 
 
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