More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5361 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
205 aa  423  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  72.68 
 
 
205 aa  303  2.0000000000000002e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  69.76 
 
 
205 aa  299  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  69.76 
 
 
205 aa  298  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  68.78 
 
 
205 aa  296  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  73.2 
 
 
205 aa  295  4e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  68.78 
 
 
205 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  68.78 
 
 
205 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  68.78 
 
 
205 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  66.15 
 
 
205 aa  285  4e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  69.63 
 
 
204 aa  282  3.0000000000000004e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  68.04 
 
 
207 aa  280  7.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  67.88 
 
 
205 aa  276  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  59.51 
 
 
205 aa  257  7e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  57.28 
 
 
206 aa  254  7e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  58.54 
 
 
204 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  60.91 
 
 
204 aa  248  3e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  59.2 
 
 
204 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  61.14 
 
 
205 aa  241  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  58.5 
 
 
204 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  60.56 
 
 
204 aa  231  5e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  62.36 
 
 
204 aa  229  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  57.69 
 
 
204 aa  221  4.9999999999999996e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  53.17 
 
 
205 aa  211  3.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  47.42 
 
 
202 aa  190  1e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  43.14 
 
 
204 aa  181  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
211 aa  92.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  30.86 
 
 
204 aa  91.3  9e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 
205 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
204 aa  88.2  8e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
201 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 
204 aa  87.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
203 aa  87.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
196 aa  87  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
204 aa  86.3  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  33.74 
 
 
207 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  33.74 
 
 
207 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 
200 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 
208 aa  82.4  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
203 aa  82.4  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 
201 aa  79.7  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 
202 aa  76.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  32.17 
 
 
202 aa  75.1  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
205 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 
201 aa  69.7  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
209 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
199 aa  64.7  0.0000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  25.87 
 
 
242 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  24.29 
 
 
243 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
217 aa  61.6  0.000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  24.29 
 
 
243 aa  61.2  0.000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  24.29 
 
 
243 aa  61.2  0.000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 
205 aa  60.1  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 
204 aa  60.5  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 
191 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4972  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
317 aa  58.5  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.377224 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1211  transcriptional regulator, TetR family  38.82 
 
 
227 aa  58.2  0.00000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  23.5 
 
 
242 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 
220 aa  57.4  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1887  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
202 aa  57.8  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.943502 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1827  regulatory protein, TetR  29.25 
 
 
196 aa  57.4  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2636  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
205 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132236  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4517  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
205 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000667757  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3361  TetR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
238 aa  56.2  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.752589  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 
193 aa  55.1  0.0000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30260  transcriptional regulator  31.18 
 
 
400 aa  55.5  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.473296 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 
228 aa  55.1  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  24.55 
 
 
196 aa  54.7  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  24.54 
 
 
229 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  25.35 
 
 
190 aa  53.1  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4685  transcriptional regulator, TetR family  24.17 
 
 
259 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0466377  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 
228 aa  53.5  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  27.92 
 
 
230 aa  53.9  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2962  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 
201 aa  53.9  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1776  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 
218 aa  53.5  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0293549  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0452  regulatory protein TetR  24.68 
 
 
221 aa  53.1  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 
219 aa  52.8  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0444  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 
220 aa  52.8  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.275459  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
200 aa  53.1  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  35.96 
 
 
197 aa  52.8  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
190 aa  52.8  0.000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  24.69 
 
 
222 aa  52.8  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 
210 aa  52.4  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3149  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
233 aa  52  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11350  transcriptional regulator  30.21 
 
 
220 aa  51.6  0.000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4523  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 
216 aa  51.6  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1468  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 
190 aa  52  0.000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1590  TetR family transcriptional regulator  27.11 
 
 
192 aa  51.6  0.000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0959  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 
248 aa  51.6  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0776064  normal  0.539269 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2089  transcriptional regulator, TetR family  32.94 
 
 
220 aa  51.6  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0021127  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  41.56 
 
 
201 aa  51.2  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  24.39 
 
 
200 aa  50.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1103  transcriptional regulator, TetR family  25.39 
 
 
248 aa  51.2  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.575371  normal  0.523139 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  25.56 
 
 
213 aa  50.8  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  23.65 
 
 
195 aa  51.2  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  41.56 
 
 
201 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  41.56 
 
 
201 aa  50.8  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
202 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2800  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
224 aa  50.8  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.697977  decreased coverage  0.000162176 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 
208 aa  50.8  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>