More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3300 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 204 aa  417  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  89.71 
 
 		 204 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  68.14 
 
 		 204 aa  298  3e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  65.66 
 
 		 204 aa  278  5e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 204 aa  276  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  61.69 
 
 		 205 aa  264  7e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  61.95 
 
 		 205 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  61.95 
 
 		 205 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  61.95 
 
 		 205 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  61.19 
 
 		 205 aa  263  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  64.71 
 
 		 204 aa  262  3e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 204 aa  258  5.0000000000000005e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  59.9 
 
 		 205 aa  256  1e-67  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  59.2 
 
 		 205 aa  243  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  59.04 
 
 		 207 aa  239  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  58.64 
 
 		 205 aa  238  5.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  58.73 
 
 		 204 aa  237  6.999999999999999e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  57.5 
 
 		 205 aa  232  3e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  54.85 
 
 		 206 aa  230  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  58.64 
 
 		 205 aa  225  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  56.19 
 
 		 205 aa  224  7e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  57.22 
 
 		 205 aa  223  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  54.84 
 
 		 205 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  47.5 
 
 		 202 aa  201  8e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  51.28 
 
 		 205 aa  199  3e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  44.39 
 
 		 204 aa  191  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  38.3 
 
 		 202 aa  92.4  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  37.59 
 
 		 202 aa  92.4  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 201 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 211 aa  89.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  34.04 
 
 		 196 aa  88.6  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 203 aa  87.4  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 204 aa  85.1  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 204 aa  85.1  7e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 203 aa  84.7  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  29.59 
 
 		 207 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 207 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  31.69 
 
 		 200 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 		 204 aa  82.4  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 205 aa  81.6  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 201 aa  81.6  0.000000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 204 aa  81.3  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 		 205 aa  81.3  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 208 aa  80.9  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  31.39 
 
 		 201 aa  78.6  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  27.14 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0855  transcriptional regulator, TetR family  34.02 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1164  TetR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 184 aa  58.9  0.00000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000872016  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 208 aa  58.5  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 209 aa  57  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 190 aa  55.8  0.0000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  24.7 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3625  regulatory protein TetR  36.25 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 209 aa  54.7  0.0000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0612  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 204 aa  54.7  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5283  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 208 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261053 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 291 aa  53.1  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  28.46 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 199 aa  53.1  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  29.87 
 
 		 216 aa  52.8  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0281012 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 205 aa  53.1  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 211 aa  52.4  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0740  TetR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 205 aa  52.8  0.000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.891023  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  29.5 
 
 		 218 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 211 aa  52.4  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4076  putative transcriptional regulator  26.99 
 
 		 204 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462339  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 217 aa  52  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2468  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 198 aa  52.4  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0907  transcriptional regulator, TetR family  24.86 
 
 		 202 aa  52.4  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 211 aa  52.4  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0438  transcriptional regulator, TetR family  24.46 
 
 		 219 aa  52  0.000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.275927  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  35.44 
 
 		 222 aa  52  0.000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2502  transcriptional regulator, TetR family  34.18 
 
 		 291 aa  52  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 211 aa  51.6  0.000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 228 aa  51.6  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 211 aa  51.6  0.000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 229 aa  52  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 210 aa  51.6  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  25.97 
 
 		 190 aa  51.6  0.000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3159  putative transcriptional regulator, TetR family  31.53 
 
 		 221 aa  51.6  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.251281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3704  regulatory protein TetR  26.49 
 
 		 202 aa  51.2  0.000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.974133 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  28.66 
 
 		 211 aa  51.2  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1848  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 210 aa  51.2  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0719  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 209 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1290  AcrR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 199 aa  50.8  0.00001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47240  putative transcriptional regulator  26.99 
 
 		 204 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0226  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 201 aa  50.8  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312291  hitchhiker  0.00018932 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 211 aa  50.8  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2883  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 195 aa  50.8  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.256454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1684  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 228 aa  50.8  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.828148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4369  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 204 aa  50.4  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.645452 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2853  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 213 aa  50.1  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.788684  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 201 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 219 aa  50.1  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 201 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1398  transcriptional regulator, TetR family  32.1 
 
 		 195 aa  50.4  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>