More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0743 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0743  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  460  1e-129  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.803231 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5867  TetR family transcriptional regulator  82.8 
 
 		 193 aa  309  2e-83  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0832592  normal  0.676846 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2695  transcriptional regulator, TetR family  36.59 
 
 		 185 aa  80.9  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000333836  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1848  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18080  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 206 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1569  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 212 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0955  TetR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1941  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 189 aa  59.3  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.842083  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  36.78 
 
 		 219 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4863  transcriptional regulator, TetR family  44.12 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  41.79 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  40 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  40 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  40 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  40 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  40 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  40 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  43.08 
 
 		 223 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  38.3 
 
 		 213 aa  55.8  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0282  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.356366  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  31.9 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.9 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0432  TetR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 237 aa  54.7  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.9 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5677  regulatory protein  36.36 
 
 		 201 aa  54.7  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.106455  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3715  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 208 aa  55.1  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  31.9 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.9 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.9 
 
 		 215 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 213 aa  55.1  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.9 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.9 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 238 aa  54.7  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 205 aa  55.1  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 216 aa  53.9  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 217 aa  54.3  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 289 aa  54.3  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 261 aa  53.9  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 196 aa  54.3  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 219 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2630  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 321 aa  53.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1313  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 321 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 211 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0142  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 288 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1036  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 288 aa  53.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.46 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 211 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0169  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 321 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.964419  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.46 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.46 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.37 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.46 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2773  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 321 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 211 aa  52.8  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.46 
 
 		 217 aa  53.1  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0191  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 210 aa  52.8  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 		 202 aa  52.8  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.2 
 
 		 227 aa  52.8  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10080  Transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 217 aa  52.4  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.530554  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 209 aa  52.8  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 201 aa  52.4  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 211 aa  52.8  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 245 aa  52.4  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 206 aa  52.4  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0707  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 219 aa  52.4  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 226 aa  52.4  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 211 aa  52.4  0.000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0024  TetR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 212 aa  52  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 234 aa  52  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4076  putative transcriptional regulator  32.93 
 
 		 204 aa  52  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462339  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 234 aa  52  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3439  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 239 aa  52  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2948  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 191 aa  52  0.000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3421  transcriptional regulator, TetR family  25.9 
 
 		 205 aa  52  0.000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0985  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 222 aa  52  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  28.79 
 
 		 211 aa  52  0.000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 213 aa  52  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2411  transcriptional regulator, TetR family  39.47 
 
 		 205 aa  51.6  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.147912 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  35.44 
 
 		 209 aa  51.6  0.000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 205 aa  52  0.000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 213 aa  51.6  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47240  putative transcriptional regulator  32.93 
 
 		 204 aa  52  0.000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 196 aa  51.2  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11567  transcriptional regulator  41.82 
 
 		 225 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 213 aa  51.2  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2537  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 87 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 233 aa  51.2  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3587  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 242 aa  51.6  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10308  TetR/AcrR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000336223  normal  0.125099 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2365  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 213 aa  51.2  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227272  normal  0.96994 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>