More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1507 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 224 aa  453  1.0000000000000001e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  36.52 
 
 		 196 aa  109  4.0000000000000004e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 204 aa  105  6e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 195 aa  105  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 201 aa  98.2  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 194 aa  97.4  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  35.76 
 
 		 204 aa  96.3  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  31.12 
 
 		 200 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  95.5  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 203 aa  94.7  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  93.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  31.09 
 
 		 193 aa  91.3  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  30.98 
 
 		 195 aa  90.5  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 208 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 210 aa  89.4  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 		 207 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  33.13 
 
 		 207 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  26.74 
 
 		 197 aa  84.7  9e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 		 196 aa  84.7  9e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 204 aa  84.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 205 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  30.96 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  31.93 
 
 		 201 aa  82  0.000000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2324  transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 		 195 aa  79.3  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 201 aa  78.2  0.00000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 203 aa  73.6  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  28.64 
 
 		 202 aa  72.8  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  28.71 
 
 		 202 aa  72.8  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 242 aa  69.3  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  30.99 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 205 aa  65.1  0.0000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0045  transcriptional regulator  28.78 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0375278  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  26.28 
 
 		 202 aa  64.3  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  28.75 
 
 		 205 aa  62  0.000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 205 aa  61.2  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  27.67 
 
 		 204 aa  60.1  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 242 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  45.83 
 
 		 223 aa  59.7  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  37.59 
 
 		 222 aa  58.9  0.00000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  26.76 
 
 		 205 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 209 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 208 aa  57.8  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0312  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 182 aa  57.4  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  23.76 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  43.06 
 
 		 223 aa  57  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  27.71 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  41.67 
 
 		 219 aa  55.5  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2636  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4517  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000667757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  25.4 
 
 		 243 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  25.4 
 
 		 243 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  26.7 
 
 		 204 aa  54.7  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3334  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 202 aa  54.7  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0421  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 198 aa  54.7  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3502  nucleoid occlusion protein  30.22 
 
 		 195 aa  54.7  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.284468  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2688  TetR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357002  normal  0.760245 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  25.75 
 
 		 200 aa  53.1  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  26.76 
 
 		 205 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30260  transcriptional regulator  33.75 
 
 		 400 aa  52.8  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.473296 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  28.3 
 
 		 205 aa  53.1  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 206 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 241 aa  53.1  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 217 aa  52.8  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2516  transcriptional regulator, TetR family  30.2 
 
 		 188 aa  52.4  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0359  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 193 aa  52.4  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.717722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 291 aa  52.4  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 215 aa  52  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3709  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 205 aa  52  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  40 
 
 		 219 aa  52  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  23.83 
 
 		 204 aa  51.6  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 202 aa  51.2  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 207 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  48.08 
 
 		 211 aa  51.6  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  48.08 
 
 		 211 aa  51.6  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 211 aa  51.6  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  48.08 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  23.94 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  48.08 
 
 		 211 aa  51.6  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  48.08 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 213 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  48.08 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 206 aa  50.8  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1416  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 197 aa  50.8  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.305494  hitchhiker  0.0000141576 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0683  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 211 aa  50.4  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 204 aa  50.4  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1071  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 240 aa  50.4  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1324  nucleoid occlusion protein  27.27 
 
 		 231 aa  50.8  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.892359 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>