More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_0683 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_0683  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 211 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0658  TetR family transcriptional regulator  96.21 
 
 		 211 aa  381  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0279  TetR family transcriptional regulator  86.43 
 
 		 210 aa  344  5e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0763  TetR family transcriptional regulator  86.43 
 
 		 210 aa  344  5e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.756053  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  86.93 
 
 		 210 aa  344  6e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0732  TetR family transcriptional regulator  85.93 
 
 		 210 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  53.85 
 
 		 225 aa  204  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  53.85 
 
 		 225 aa  204  8e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  53.85 
 
 		 225 aa  204  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1930  TetR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 206 aa  192  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189169  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2728  putative transcriptional regulator, TetR family  48.96 
 
 		 200 aa  165  5e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.427892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7060  tetracycline repressor domain-containing protein  46.73 
 
 		 203 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0598818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  45.15 
 
 		 212 aa  142  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  41.01 
 
 		 220 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5105  transcriptional regulator, TetR family  36.54 
 
 		 223 aa  125  5e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000423081  normal  0.55194 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  37.62 
 
 		 218 aa  100  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  32.63 
 
 		 210 aa  95.9  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1662  transcriptional regulator, TetR family  39.27 
 
 		 213 aa  95.1  7e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.552653  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21360  transcriptional regulator, TetR family  34.4 
 
 		 206 aa  89.4  4e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.127836  normal  0.357603 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4132  transcriptional regulator, TetR family  35.32 
 
 		 192 aa  88.2  7e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.88155  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3273  Tetracyclin repressor domain protein  36.84 
 
 		 213 aa  82.8  0.000000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.120229  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 218 aa  79.3  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1989  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 250 aa  78.6  0.00000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5638  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 238 aa  75.9  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.491763  normal  0.336395 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  31.67 
 
 		 234 aa  75.5  0.0000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 230 aa  75.1  0.0000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3348  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 185 aa  73.2  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3070  transcriptional regulator, TetR family  36.18 
 
 		 216 aa  71.6  0.000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4355  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 244 aa  71.6  0.000000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.589486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11383  transcriptional regulator  29.38 
 
 		 261 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.900966 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2976  regulatory protein TetR  33.33 
 
 		 199 aa  69.7  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 242 aa  69.7  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  34.25 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  32.21 
 
 		 232 aa  68.6  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 		 204 aa  68.2  0.00000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 250 aa  67.8  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  47.22 
 
 		 240 aa  67.8  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1770  TetR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 250 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  29.86 
 
 		 249 aa  67.8  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1817  TetR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 250 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.882667 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1751  TetR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 250 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 271 aa  67  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2285  transcriptional regulator, TetR family  34.52 
 
 		 213 aa  67  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  30.24 
 
 		 210 aa  65.9  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  32.74 
 
 		 268 aa  65.9  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 244 aa  65.1  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 244 aa  65.1  0.0000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 244 aa  65.1  0.0000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  33.55 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 249 aa  63.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 272 aa  63.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  28.44 
 
 		 221 aa  63.5  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2337  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  29.86 
 
 		 223 aa  62.4  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4458  transcriptional regulator, TetR family  49.21 
 
 		 263 aa  62.4  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0794126 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2997  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 239 aa  62  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00034517  decreased coverage  0.000048455 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3861  regulatory protein TetR  28.8 
 
 		 231 aa  62  0.000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.153714  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4284  transcriptional regulator, TetR family  37.86 
 
 		 223 aa  62  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.620259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  33.18 
 
 		 211 aa  62  0.000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0819  transcriptional regulator, TetR family  34.64 
 
 		 237 aa  61.6  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 239 aa  61.6  0.000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 235 aa  61.6  0.000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  30.91 
 
 		 222 aa  60.8  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0683  transcriptional regulator, TetR family  30.57 
 
 		 243 aa  60.1  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0129651  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2378  transcriptional repressor TetR  25.76 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287531  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1040  regulatory protein TetR  30.62 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.591621  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4056  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.910923  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2594  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.971437  normal  0.0759549 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3074  TetR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3134  TetR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.641409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0522  transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 		 259 aa  59.7  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0445084 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3091  TetR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0742554 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  28.7 
 
 		 228 aa  59.3  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 245 aa  58.9  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3625  TetR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.130567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1997  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 250 aa  58.2  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.354177  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  30.92 
 
 		 258 aa  58.2  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2683  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1119  transcriptional regulator, TetR family  44.83 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.335801 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5480  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 199 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191465 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04290  transcriptional regulator  26.26 
 
 		 230 aa  56.6  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0356089  normal  0.115644 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 224 aa  57  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  30.61 
 
 		 343 aa  56.6  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5652  transcriptional regulator, TetR family  46.77 
 
 		 283 aa  56.2  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  25.71 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  30.49 
 
 		 255 aa  56.2  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0832  Tetracyclin repressor domain protein  30 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2792  TetR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.782155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1017  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 216 aa  55.5  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.056125 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  25.45 
 
 		 236 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 231 aa  55.5  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2916  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 216 aa  55.1  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  27.65 
 
 		 228 aa  55.1  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 229 aa  55.1  0.0000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5425  putative transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 272 aa  55.1  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>