251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1017 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1017  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  441  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.056125 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  36.91 
 
 		 210 aa  95.1  7e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1997  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 250 aa  84.3  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.354177  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2683  TetR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 218 aa  82.8  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1119  transcriptional regulator, TetR family  39.81 
 
 		 211 aa  80.5  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.335801 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  43.16 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  39.22 
 
 		 218 aa  77  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  38.24 
 
 		 222 aa  74.3  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2337  transcriptional regulator, TetR family  39.04 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  34.71 
 
 		 228 aa  73.6  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7060  tetracycline repressor domain-containing protein  33.79 
 
 		 203 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0598818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2728  putative transcriptional regulator, TetR family  30.13 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.427892  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  38.83 
 
 		 204 aa  70.1  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  39.18 
 
 		 220 aa  70.1  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 285 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2420  regulatory protein TetR  38.24 
 
 		 190 aa  66.6  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000385349  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  31.93 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1404  hypothetical protein  36.67 
 
 		 227 aa  63.5  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.245587  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  33.96 
 
 		 253 aa  63.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2480  transcriptional regulator, TetR family  39.8 
 
 		 221 aa  63.5  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0883171  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 259 aa  63.5  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6418  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 259 aa  62  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  33.88 
 
 		 214 aa  62  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  34.23 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 230 aa  60.8  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4458  transcriptional regulator, TetR family  28.83 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0794126 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  32.21 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2378  transcriptional repressor TetR  26.44 
 
 		 260 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287531  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1632  Tetracyclin repressor domain protein  30.87 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0188717 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 249 aa  58.9  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  34.04 
 
 		 225 aa  58.5  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  31.97 
 
 		 210 aa  58.2  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1167  regulatory protein, TetR  35.71 
 
 		 227 aa  58.2  0.00000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0832  Tetracyclin repressor domain protein  37.14 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 253 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  29.01 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  36.47 
 
 		 225 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  36.47 
 
 		 225 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  36.47 
 
 		 225 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6498  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 246 aa  58.2  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 		 236 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0279  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0658  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 211 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  30.09 
 
 		 224 aa  57  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0763  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.756053  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0732  TetR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1711  regulatory protein TetR  32.98 
 
 		 226 aa  56.6  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.539832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  33.04 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4012  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00441742  normal  0.139253 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5638  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 238 aa  56.2  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.491763  normal  0.336395 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 244 aa  55.8  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  30.71 
 
 		 231 aa  55.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1662  transcriptional regulator, TetR family  40.43 
 
 		 213 aa  55.8  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.552653  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1037  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.97893  normal  0.250899 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 		 249 aa  55.8  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0683  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 		 245 aa  55.8  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  34.31 
 
 		 240 aa  55.5  0.0000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2211  transcriptional regulator, TetR family  33.98 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 242 aa  55.1  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0215  transcriptional regulator, TetR family  31.3 
 
 		 246 aa  54.3  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.674801 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  29 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 250 aa  53.9  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3954  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 183 aa  54.3  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00776564  normal  0.0886939 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1965  transcriptional regulator, TetR family  33.06 
 
 		 234 aa  53.5  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.66981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 247 aa  53.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1702  regulatory protein TetR  34.58 
 
 		 199 aa  53.5  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0628  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 218 aa  53.1  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.504351 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  29.93 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 229 aa  52.8  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1741  transcriptional regulator, TetR family  31.97 
 
 		 307 aa  52.8  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 267 aa  52.8  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1495  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 200 aa  52.4  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.969103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10210  transcriptional regulator  28.03 
 
 		 272 aa  52  0.000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.0650558 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1460  transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 		 249 aa  51.2  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8986  putative transcriptional regulator, TetR family  28.46 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 247 aa  51.2  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  34.33 
 
 		 232 aa  50.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 240 aa  51.2  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  30.34 
 
 		 343 aa  50.8  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 239 aa  50.8  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4284  transcriptional regulator, TetR family  31.46 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.620259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 234 aa  50.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1989  TetR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 250 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3817  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4355  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 244 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.589486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2719  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 227 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 223 aa  50.1  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>