More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_A0152 on replicon NC_010488
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  100 
 
 		 225 aa  455  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  100 
 
 		 225 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  100 
 
 		 225 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1930  TetR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 206 aa  220  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189169  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0658  TetR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 211 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0279  TetR family transcriptional regulator  54.77 
 
 		 210 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0763  TetR family transcriptional regulator  54.77 
 
 		 210 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.756053  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0683  TetR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 211 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0732  TetR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 210 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 210 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2728  putative transcriptional regulator, TetR family  47.94 
 
 		 200 aa  165  5.9999999999999996e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.427892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7060  tetracycline repressor domain-containing protein  43.28 
 
 		 203 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0598818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  40.78 
 
 		 218 aa  120  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  40.8 
 
 		 212 aa  119  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  36.1 
 
 		 220 aa  108  5e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1662  transcriptional regulator, TetR family  36.27 
 
 		 213 aa  108  9.000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.552653  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5105  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 223 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000423081  normal  0.55194 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3273  Tetracyclin repressor domain protein  32.52 
 
 		 213 aa  88.2  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.120229  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4132  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 192 aa  85.5  7e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.88155  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21360  transcriptional regulator, TetR family  34.91 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.127836  normal  0.357603 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1989  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 250 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3070  transcriptional regulator, TetR family  36.73 
 
 		 216 aa  75.1  0.0000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 250 aa  72  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  30.14 
 
 		 221 aa  71.6  0.000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5638  TetR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 238 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.491763  normal  0.336395 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2337  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 218 aa  69.3  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11383  transcriptional regulator  30.81 
 
 		 261 aa  69.7  0.00000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.900966 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3074  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 192 aa  68.9  0.00000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3134  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 192 aa  68.9  0.00000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.641409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3091  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 192 aa  68.9  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0742554 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 228 aa  68.6  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1997  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 250 aa  68.6  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.354177  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  35.05 
 
 		 204 aa  68.6  0.00000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3348  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 185 aa  68.2  0.00000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2976  regulatory protein TetR  33.16 
 
 		 199 aa  67.8  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  30.92 
 
 		 249 aa  67.8  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  29.05 
 
 		 212 aa  67.4  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  33.1 
 
 		 240 aa  65.5  0.0000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  30.07 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4355  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 244 aa  65.1  0.0000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.589486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  30.28 
 
 		 222 aa  65.1  0.0000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  26.5 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  34.34 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2792  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 190 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.782155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4458  transcriptional regulator, TetR family  30.91 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0794126 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1119  transcriptional regulator, TetR family  32.49 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.335801 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 257 aa  63.2  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  25.76 
 
 		 231 aa  63.2  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1770  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 250 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1817  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 250 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.882667 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1751  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 250 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 210 aa  61.6  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 245 aa  62  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  27.48 
 
 		 228 aa  61.6  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 244 aa  61.6  0.000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1495  TetR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.969103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 244 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 		 214 aa  61.2  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 271 aa  61.2  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 244 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  27.95 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0215  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.674801 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3625  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 190 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.130567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  29.93 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  28.32 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1210  regulatory protein, TetR  44.07 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6218  TetR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 278 aa  58.2  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2594  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 221 aa  58.2  0.00000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.971437  normal  0.0759549 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1017  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 216 aa  58.2  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.056125 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  27.57 
 
 		 255 aa  57  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  29.13 
 
 		 343 aa  57  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  28.77 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1050  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.361662  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3861  regulatory protein TetR  26.92 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.153714  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  27.52 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2916  TetR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  30.52 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 332 aa  56.2  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5652  transcriptional regulator, TetR family  29.6 
 
 		 283 aa  56.2  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  27.97 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5957  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 229 aa  55.5  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.769485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0522  transcriptional regulator, TetR family  30.25 
 
 		 259 aa  55.8  0.0000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0445084 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3954  transcriptional regulator, TetR family  39.08 
 
 		 183 aa  55.1  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00776564  normal  0.0886939 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3395  transcriptional regulator, TetR family  33.01 
 
 		 173 aa  54.7  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.542573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  32.21 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2719  transcriptional regulator, TetR family  24.77 
 
 		 227 aa  55.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  26.96 
 
 		 249 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 242 aa  53.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 223 aa  53.5  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  28.08 
 
 		 234 aa  53.1  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 		 223 aa  53.1  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0683  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 		 243 aa  52.8  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0129651  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 		 234 aa  52.8  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  50.98 
 
 		 249 aa  52.4  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>