More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3316 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 249 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  81.45 
 
 		 250 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  63.64 
 
 		 253 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 258 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2883  TetR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.683731  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2069  transcriptional regulator, TetR family  39.53 
 
 		 233 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.620568  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0326  transcriptional regulator, TetR family  39.53 
 
 		 233 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  29.74 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 234 aa  98.6  8e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 235 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.8 
 
 		 232 aa  95.9  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1287  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.1 
 
 		 225 aa  95.9  6e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.746343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.18 
 
 		 236 aa  93.6  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.18 
 
 		 236 aa  93.6  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.4 
 
 		 223 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  27.4 
 
 		 223 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.4 
 
 		 223 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0944  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.4 
 
 		 223 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  27.4 
 
 		 223 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.4 
 
 		 223 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2847  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.4 
 
 		 223 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0304787 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0967  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.47 
 
 		 224 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.4 
 
 		 223 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.852921 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2556  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.92 
 
 		 223 aa  87  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0946  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.8 
 
 		 224 aa  86.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0854  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.8 
 
 		 224 aa  86.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0882  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 224 aa  86.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0914  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.8 
 
 		 224 aa  86.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 278 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 278 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 278 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 275 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 275 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 244 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 229 aa  79  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  31.91 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 283 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 233 aa  75.9  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 277 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 235 aa  71.6  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5058  TetR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 213 aa  70.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  55.93 
 
 		 226 aa  69.3  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 213 aa  67.8  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 220 aa  67.8  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  49.25 
 
 		 263 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  60.78 
 
 		 244 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7226  putative transcriptional regulator, TetR family  43.37 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.373834 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1204  transcriptional regulator, TetR family  30.97 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.260768  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1778  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 199 aa  58.9  0.00000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0789135  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  33.1 
 
 		 221 aa  58.5  0.00000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1118  regulatory protein TetR  50.98 
 
 		 214 aa  58.2  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 195 aa  58.2  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05966  hypothetical protein  23.4 
 
 		 241 aa  58.5  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  36.9 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  39.24 
 
 		 255 aa  57  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  39.71 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1720  TetR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 203 aa  57  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  35.05 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2863  TetR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 216 aa  57  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  44.83 
 
 		 213 aa  57  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 290 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000229  transcriptional regulator  30 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1298  transcriptional regulator TetR family  33.65 
 
 		 235 aa  55.8  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  33.65 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1517  transcriptional regulator, TetR family  47.27 
 
 		 372 aa  56.2  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2746  regulatory protein TetR  29.17 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4482  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2689  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  29.46 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4551  transcriptional regulator, N-terminus  40.91 
 
 		 112 aa  55.5  0.0000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4386  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4396  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4770  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4761  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.107387  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2775  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0212844  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 239 aa  55.1  0.0000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0474  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.542957  hitchhiker  4.20035e-18 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  30 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  27.01 
 
 		 205 aa  54.7  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 202 aa  54.7  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 198 aa  55.1  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1548  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 206 aa  55.1  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 212 aa  55.1  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 291 aa  55.1  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>