More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1989 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  100 
 
 		 226 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  37.93 
 
 		 224 aa  137  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.08 
 
 		 236 aa  103  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.08 
 
 		 236 aa  103  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.61 
 
 		 232 aa  98.6  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  31.1 
 
 		 233 aa  95.9  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1287  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.24 
 
 		 225 aa  93.2  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.746343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 244 aa  93.2  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 229 aa  92.8  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 277 aa  92.4  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  30.52 
 
 		 235 aa  92.4  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 278 aa  91.7  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 278 aa  91.7  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 278 aa  91.7  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 234 aa  90.1  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.94 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  27.94 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 283 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  27.94 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.94 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2847  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.94 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0304787 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0944  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.94 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0967  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.3 
 
 		 224 aa  84.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.94 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 275 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.94 
 
 		 223 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.852921 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2556  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.94 
 
 		 223 aa  84.3  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0914  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.25 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 275 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0854  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.25 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0882  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.25 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0946  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.25 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 220 aa  76.6  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 258 aa  73.2  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5058  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 213 aa  72  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  55.93 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 250 aa  68.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 233 aa  68.9  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 227 aa  65.9  0.0000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 213 aa  65.9  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  32.65 
 
 		 227 aa  65.5  0.0000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  27.12 
 
 		 219 aa  65.1  0.0000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0794  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 221 aa  62.8  0.000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  49.21 
 
 		 253 aa  62.8  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1086  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 219 aa  60.5  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.535417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 		 244 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 263 aa  59.7  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1153  transcriptional regulator, TetR family  24.23 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.181492  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2883  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.683731  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 234 aa  58.9  0.00000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1548  TetR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7595  transcriptional regulator TetR family  40.85 
 
 		 223 aa  58.2  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3896  transcriptional regulator, TetR family  46.3 
 
 		 199 aa  57.8  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.971829  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3981  transcriptional regulator, TetR family  46.3 
 
 		 198 aa  57.8  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000890193 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2069  transcriptional regulator, TetR family  25.98 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.620568  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0326  transcriptional regulator, TetR family  25.98 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5974  TetR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0426648  hitchhiker  0.00085933 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 199 aa  56.6  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4234  transcriptional regulator, TetR family  42.03 
 
 		 192 aa  56.2  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0811126  normal  0.324857 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2681  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.387724  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2776  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.376535  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 215 aa  55.1  0.0000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 235 aa  55.1  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7459  TetR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 233 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  45 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5568  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 414 aa  55.1  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2395  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 423 aa  54.7  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.764783 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0744  regulatory protein TetR  40.98 
 
 		 191 aa  54.3  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2258  transcriptional regulator, TetR family  29.5 
 
 		 218 aa  54.7  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0562664  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4645  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 224 aa  54.7  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 215 aa  54.7  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7126  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 192 aa  54.7  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.992897  normal  0.625584 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 227 aa  53.5  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 231 aa  53.9  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1190  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106163  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0106  transcriptional regulator, TetR family  28.46 
 
 		 242 aa  53.5  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.180704  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4065  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 208 aa  54.3  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 220 aa  53.9  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2314  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.251224 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2276  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 403 aa  53.5  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.276985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  25.56 
 
 		 224 aa  53.1  0.000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 238 aa  53.1  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2872  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 239 aa  53.1  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1118  regulatory protein TetR  26.58 
 
 		 214 aa  53.1  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4057  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 227 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0267673  normal  0.603769 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>