More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA1598 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  489  1e-137  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  74.55 
 
 		 218 aa  332  3e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  44.81 
 
 		 220 aa  159  4e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1086  TetR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 219 aa  150  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.535417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 227 aa  148  6e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 213 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  43.72 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  40.1 
 
 		 263 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0392  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 		 213 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  34.6 
 
 		 219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  30.6 
 
 		 244 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0813  AcrR/TetR family transcription regulator  33.49 
 
 		 227 aa  106  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1517  transcriptional regulator, TetR family  34.58 
 
 		 372 aa  102  6e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  30.04 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4020  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 258 aa  97.8  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.12217  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  30.13 
 
 		 235 aa  92.8  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3370  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 228 aa  86.7  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0063882  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3899  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 247 aa  82  0.000000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0449568  normal  0.0930409 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0170  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 233 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000323068 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1870  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 204 aa  72  0.000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2413  transcriptional regulator, TetR family  27.05 
 
 		 240 aa  67.8  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.311436  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.89 
 
 		 236 aa  68.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.89 
 
 		 236 aa  68.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3221  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 232 aa  66.2  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  50.88 
 
 		 222 aa  66.2  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  27.1 
 
 		 214 aa  65.9  0.0000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 272 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  37.39 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  37.39 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 218 aa  64.3  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4661  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 253 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.384248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 221 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1789  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.461504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  53.7 
 
 		 221 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 275 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  50 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  42.68 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000093152  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3483  TetR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4172  TetR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.928216  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  30.97 
 
 		 233 aa  62.4  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  38.64 
 
 		 340 aa  62.4  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  52.83 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 245 aa  62.4  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 276 aa  62  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  52.83 
 
 		 227 aa  62  0.000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2863  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 216 aa  62  0.000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  52.83 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 272 aa  62  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 228 aa  62.4  0.000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  52.83 
 
 		 354 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  29.95 
 
 		 239 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  52.83 
 
 		 352 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  51.85 
 
 		 220 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
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NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.11 
 
 		 232 aa  61.6  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
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NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
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NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
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NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 229 aa  61.2  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
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NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
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NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
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NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  35.16 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
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NC_013510  Tcur_4395  transcriptional regulator, TetR family  33.81 
 
 		 203 aa  60.8  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.89 
 
 		 223 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.852921 
 
 
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NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal  1 
 
 
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NC_011772  BCG9842_B3257  transcriptional regulator, TetR family protein  36.14 
 
 		 195 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.696599 
 
 
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NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 275 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 225 aa  60.8  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
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NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  51.92 
 
 		 238 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  51.92 
 
 		 238 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 235 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  51.92 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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