More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3284 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  447  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  40.98 
 
 		 227 aa  150  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4065  transcriptional regulator, TetR family  36.08 
 
 		 208 aa  125  7e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  32.88 
 
 		 235 aa  122  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0170  TetR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 233 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000323068 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 		 244 aa  94  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  25.13 
 
 		 219 aa  77.4  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 220 aa  73.2  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  25.7 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 228 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  45.68 
 
 		 212 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  45.57 
 
 		 214 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000093152  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  54.84 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 239 aa  67  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 211 aa  67  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 213 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 211 aa  67  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  54.84 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  54.84 
 
 		 213 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 215 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  35.59 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4020  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 258 aa  63.5  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.12217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 227 aa  63.5  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  55.77 
 
 		 225 aa  62.4  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  28.3 
 
 		 253 aa  61.6  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 218 aa  61.6  0.000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.31 
 
 		 236 aa  59.7  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.31 
 
 		 236 aa  59.7  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  51.67 
 
 		 238 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  51.67 
 
 		 238 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  38.1 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 229 aa  59.7  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1086  TetR family transcriptional regulator  22.38 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.535417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2640  TetR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2610  TetR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.965658  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2654  TetR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.569555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  46.88 
 
 		 208 aa  58.5  0.00000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  51.67 
 
 		 233 aa  58.5  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  51.67 
 
 		 233 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1637  transcriptional regulator, TetR family  38.98 
 
 		 193 aa  58.2  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.890844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1016  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00988275  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0392  transcriptional regulator, TetR family  24.76 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 220 aa  58.2  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0873  transcriptional regulator, TetR family  30.68 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.326269 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 290 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 316 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 316 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 317 aa  57  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 316 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  46.77 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  45.31 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5299  TetR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 227 aa  56.2  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3446  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 335 aa  55.8  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843948  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1789  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.461504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5697  TetR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 220 aa  55.8  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 222 aa  55.5  0.0000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1517  transcriptional regulator, TetR family  48.08 
 
 		 372 aa  55.5  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0938  transcriptional regulator, TetR family  29.55 
 
 		 231 aa  55.5  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0638862 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0908  transcriptional regulator, TetR family  42.25 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.469028  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1118  regulatory protein TetR  31.3 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  39.02 
 
 		 288 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  29.78 
 
 		 239 aa  55.1  0.0000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  40.7 
 
 		 224 aa  55.1  0.0000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3370  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 228 aa  55.1  0.0000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0063882  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 238 aa  54.7  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  27.89 
 
 		 236 aa  54.7  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 258 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0744  regulatory protein TetR  33.63 
 
 		 191 aa  54.3  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 291 aa  54.7  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  42.62 
 
 		 207 aa  54.3  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  44.83 
 
 		 340 aa  53.9  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4863  transcriptional regulator, TetR family  39.08 
 
 		 209 aa  53.9  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  35.14 
 
 		 210 aa  53.9  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  35.14 
 
 		 210 aa  53.9  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>