More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2899 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 236 aa  474  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 236 aa  474  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  71.3 
 
 		 232 aa  324  7e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.91 
 
 		 223 aa  226  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.852921 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  52.47 
 
 		 223 aa  225  4e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2847  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.47 
 
 		 223 aa  225  4e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0304787 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  52.47 
 
 		 223 aa  225  4e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.47 
 
 		 223 aa  225  4e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  52.47 
 
 		 223 aa  225  4e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.47 
 
 		 223 aa  225  4e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0944  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.47 
 
 		 223 aa  225  4e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2556  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.02 
 
 		 223 aa  224  1e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0882  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.7 
 
 		 224 aa  222  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0914  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.97 
 
 		 224 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0946  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.97 
 
 		 224 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0854  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.97 
 
 		 224 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0967  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.51 
 
 		 224 aa  219  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1287  putative DNA-binding transcriptional regulator  51.54 
 
 		 225 aa  216  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.746343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 235 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  30.23 
 
 		 233 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  30.49 
 
 		 235 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 233 aa  113  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 245 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 234 aa  111  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 235 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 278 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 283 aa  106  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 278 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 278 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2883  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 223 aa  105  6e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.683731  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  35.36 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  34.08 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 239 aa  102  5e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 275 aa  99.4  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 277 aa  99  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 275 aa  99  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5058  TetR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 213 aa  97.4  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 244 aa  96.7  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 250 aa  95.5  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  29.18 
 
 		 249 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  29.1 
 
 		 253 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 220 aa  85.1  9e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 229 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2069  transcriptional regulator, TetR family  28.7 
 
 		 233 aa  82  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.620568  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0326  transcriptional regulator, TetR family  28.7 
 
 		 233 aa  82  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 227 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 213 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  32.03 
 
 		 235 aa  75.1  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 218 aa  72  0.000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 263 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  28.25 
 
 		 227 aa  65.1  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  27.91 
 
 		 219 aa  62.4  0.000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  47.54 
 
 		 208 aa  61.6  0.000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 		 244 aa  61.6  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  40.26 
 
 		 224 aa  61.6  0.00000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05966  hypothetical protein  29.91 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3324  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.272078  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4386  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4770  transcriptional regulator, TetR family  45.16 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4396  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  45.9 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3827  putative transcriptional regulator  40.48 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44980  TetR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0474  transcriptional regulator, TetR family  45.16 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.542957  hitchhiker  4.20035e-18 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4761  transcriptional regulator, TetR family  45.16 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.107387  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4551  transcriptional regulator, N-terminus  45.16 
 
 		 112 aa  58.9  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2249  transcriptional regulator, TetR family  26.72 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.115177  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0813  AcrR/TetR family transcription regulator  47.27 
 
 		 227 aa  58.5  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1086  TetR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 219 aa  58.5  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.535417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2561  transcriptional regulator, TetR family  37.84 
 
 		 203 aa  58.2  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4789  transcriptional regulator  43.55 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0675  regulatory protein, TetR  33.33 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  28.48 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5245  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 		 251 aa  57  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3699  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4787  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0422575  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4482  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2354  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0622512  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1551  transcription regulator protein  26.92 
 
 		 205 aa  56.6  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000200418  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  24.77 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2530  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.828016  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2545  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.91976e-46 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2312  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000394535  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2270  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0152904  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3899  TetR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0449568  normal  0.0930409 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1689  transcriptional regulator, TetR family  32.74 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0605741  hitchhiker  0.00000000000000310562 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0771  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.353788  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>