More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4699 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  473  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  64.55 
 
 		 233 aa  298  4e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  62.56 
 
 		 235 aa  298  6e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  54.02 
 
 		 235 aa  245  4e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  57.01 
 
 		 229 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1287  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.34 
 
 		 225 aa  112  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.746343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.18 
 
 		 232 aa  112  7.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 		 236 aa  111  8.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 		 236 aa  111  8.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 233 aa  104  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2883  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 223 aa  103  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.683731  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.54 
 
 		 223 aa  99.4  4e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.852921 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.54 
 
 		 223 aa  98.6  7e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 		 223 aa  98.6  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.54 
 
 		 223 aa  98.6  7e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2847  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.54 
 
 		 223 aa  98.6  7e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0304787 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  30.54 
 
 		 223 aa  98.6  7e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0944  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.54 
 
 		 223 aa  98.6  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.54 
 
 		 223 aa  98.6  7e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 235 aa  98.6  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  32.68 
 
 		 249 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2556  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.05 
 
 		 223 aa  97.1  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0967  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.78 
 
 		 224 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0946  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.78 
 
 		 224 aa  92.8  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0914  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.78 
 
 		 224 aa  92.8  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0854  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.78 
 
 		 224 aa  92.8  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 278 aa  92.4  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 278 aa  92.4  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 278 aa  92.4  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 239 aa  92  7e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0882  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.54 
 
 		 224 aa  92  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 277 aa  91.7  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 258 aa  91.7  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 239 aa  90.5  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  32.97 
 
 		 226 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  30.1 
 
 		 224 aa  89.7  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  32.66 
 
 		 253 aa  88.6  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 244 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 275 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 275 aa  87  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 283 aa  85.1  8e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0326  transcriptional regulator, TetR family  28.79 
 
 		 233 aa  80.1  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2069  transcriptional regulator, TetR family  28.79 
 
 		 233 aa  80.1  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.620568  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 220 aa  75.5  0.0000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5058  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 213 aa  71.6  0.000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 213 aa  69.7  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  27.87 
 
 		 227 aa  69.3  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 218 aa  68.2  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  25.57 
 
 		 263 aa  67.4  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  28.12 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 245 aa  65.5  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2413  transcriptional regulator, TetR family  35.5 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.311436  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  23.7 
 
 		 244 aa  56.6  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  26.99 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3411  transcriptional regulator, TetR family  49.23 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.945663  normal  0.0722688 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38090  TetR-family transcriptional regulatory protein  36.08 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0395776  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4301  transcriptional regulator, TetR family  57.41 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5974  TetR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0426648  hitchhiker  0.00085933 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 199 aa  55.8  0.0000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2134  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175968 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3949  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 212 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.549729 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 196 aa  54.7  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3101  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 230 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359837  normal  0.83525 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3584  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 212 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0176  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 263 aa  54.7  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1888  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 212 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 227 aa  54.7  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7226  putative transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 209 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.373834 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2564  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  53.5  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.454515 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1548  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 206 aa  54.3  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3899  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 247 aa  53.9  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0449568  normal  0.0930409 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0851  TetR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 241 aa  53.1  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2820  transcriptional regulator, TetR family  34.41 
 
 		 211 aa  53.5  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4071  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 235 aa  53.1  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365856  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  48.39 
 
 		 218 aa  53.1  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  36.67 
 
 		 215 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  26.85 
 
 		 205 aa  53.1  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0392  transcriptional regulator, TetR family  28.98 
 
 		 213 aa  53.1  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4747  transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 		 215 aa  52.8  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000342659  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4773  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 212 aa  52.8  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164473  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4682  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 212 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000014918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0813  AcrR/TetR family transcription regulator  41.43 
 
 		 227 aa  52.8  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 215 aa  52.8  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 215 aa  52.8  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3293  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 190 aa  52.4  0.000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124137 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3066  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 190 aa  52.4  0.000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.122558 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3581  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 212 aa  52.4  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7459  TetR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 233 aa  52  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 219 aa  52  0.000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1713  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 210 aa  52  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.312899  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0191  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 210 aa  52  0.000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2364  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 210 aa  52  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2325  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 210 aa  52  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14700  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 		 207 aa  51.6  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.73009e-18  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>