More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5593 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 233 aa  474  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 244 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 275 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 278 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 278 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 275 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 278 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 277 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 283 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 235 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.73 
 
 		 236 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.73 
 
 		 236 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 		 233 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 245 aa  106  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 234 aa  104  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 235 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 235 aa  102  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.8 
 
 		 232 aa  99  5e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 239 aa  98.2  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 239 aa  96.3  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 229 aa  90.5  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.5 
 
 		 223 aa  87  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.852921 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.5 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2847  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.5 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0304787 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1287  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.84 
 
 		 225 aa  86.3  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.746343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0944  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.5 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  28.5 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.5 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.5 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0854  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.37 
 
 		 224 aa  85.9  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0914  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.37 
 
 		 224 aa  85.9  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0946  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.37 
 
 		 224 aa  85.9  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0882  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.37 
 
 		 224 aa  85.9  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2556  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.04 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0967  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.91 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  29.59 
 
 		 253 aa  81.6  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 250 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0326  transcriptional regulator, TetR family  25.31 
 
 		 233 aa  75.1  0.0000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2069  transcriptional regulator, TetR family  25.31 
 
 		 233 aa  75.1  0.0000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.620568  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 		 249 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2883  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.683731  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5058  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 213 aa  71.6  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  28.99 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  47.54 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4789  transcriptional regulator  37.97 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4787  transcriptional regulator, TetR family  37.97 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0422575  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4551  transcriptional regulator, N-terminus  37.97 
 
 		 112 aa  62.8  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4386  TetR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4396  TetR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2666  TetR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 213 aa  62  0.000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4761  transcriptional regulator, TetR family  37.97 
 
 		 212 aa  62  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.107387  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4770  transcriptional regulator, TetR family  37.97 
 
 		 212 aa  62  0.000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 258 aa  61.6  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  49.06 
 
 		 200 aa  61.2  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0474  transcriptional regulator, TetR family  37.97 
 
 		 212 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.542957  hitchhiker  4.20035e-18 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 227 aa  60.8  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4463  transcriptional regulator, TetR family  49.09 
 
 		 198 aa  60.5  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5646  TetR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 233 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4482  TetR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3905  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0765  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 228 aa  59.3  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1692  transcriptional regulator, TetR family  40.28 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 206 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2751  TetR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3324  TetR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.272078  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2820  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 211 aa  58.2  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3149  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 233 aa  58.2  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1958  TetR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455038  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 208 aa  57.8  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1548  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  47.27 
 
 		 213 aa  58.2  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 193 aa  57.8  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0069  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 219 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2710  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.466457  normal  0.498996 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  38.03 
 
 		 200 aa  57  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  28.18 
 
 		 224 aa  57  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4006  transcriptional regulator, TetR family  40.58 
 
 		 202 aa  57.8  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  38.81 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0322  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.541277 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1298  transcriptional regulator TetR family  27.51 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7459  TetR family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  38.36 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4010  TetR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 228 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  hitchhiker  0.00413509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2561  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 238 aa  56.2  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2681  transcriptional regulator, TetR family  30.23 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.387724  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2995  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.428403  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  35.8 
 
 		 230 aa  55.5  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3411  transcriptional regulator, TetR family  44.29 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.945663  normal  0.0722688 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>